| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,413,966 | T→A | 15.3% | intergenic (‑39/+18) | ralR ← / ← recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,966 | 0 | T | A | 15.3% | 533.0 / 75.5 | 203 | intergenic (‑39/+18) | ralR/recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/100); new base A (17/14); total (89/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CTTTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCTTT > NC_000913/1413867‑1414065 | tttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCAtt < 2:3593709/100‑1 (MQ=255) tttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCAtt < 2:3987374/100‑1 (MQ=255) tCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTac < 1:117765/100‑1 (MQ=255) cACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCAGTGCATTaca > 1:827384/1‑100 (MQ=255) aCCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTacac < 2:3460860/100‑1 (MQ=255) ccGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACAcc > 2:345/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |