Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,413,968 | A→G | 15.1% | intergenic (‑41/+16) | ralR ← / ← recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,413,968 | 0 | A | G | 15.1% | 492.0 / 72.9 | 205 | intergenic (‑41/+16) | ralR/recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/100); new base G (17/14); total (91/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTT > NC_000913/1413869‑1414066 | ttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTa < 1:3711617/100‑1 (MQ=255) aCCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTacac < 2:3460860/100‑1 (MQ=255) ccGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACAcc > 2:345/1‑100 (MQ=255) ccGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACAcc < 2:2766123/100‑1 (MQ=255) cGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCg > 1:2783787/1‑100 (MQ=255) gTTACTGATGTACAACCACAAAATATACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACAcc < 1:858831/98‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cacaAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTAAAAACAAAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTcc < 1:3209298/100‑1 (MQ=255) acaAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCct > 1:662739/1‑100 (MQ=255) aaaaTGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCctct < 2:75042/100‑1 (MQ=255) tGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAAt < 2:1905359/100‑1 (MQ=255) ggACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAAtt > 1:446785/1‑100 (MQ=255) ggACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTATAAAAAAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGaa < 1:2089042/98‑1 (MQ=255) cATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATc < 2:1292183/100‑1 (MQ=255) aTGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCg < 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2:4118051/100‑1 (MQ=255) tcATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGtt < 2:662741/100‑1 (MQ=255) taaTAATTTTTCTCATCCAAAATATTTCCAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGtt < 1:363273/98‑1 (MQ=255) tAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAAt < 1:3160713/100‑1 (MQ=255) aTTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATAc < 1:2241700/100‑1 (MQ=255) tttCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACaga > 1:1109521/1‑100 (MQ=255) tttCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACaga > 1:1171290/1‑100 (MQ=255) ttCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACagag < 2:2515724/100‑1 (MQ=255) 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1:769859/1‑100 (MQ=255) aTTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCtt > 2:1520463/1‑100 (MQ=255) ttACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCttt < 2:4380768/100‑1 (MQ=255) ttACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCttt < 1:1339034/100‑1 (MQ=255) | TTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTT > NC_000913/1413869‑1414066 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |