| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 18.3% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 18.3% | 408.7 / 71.4 | 180 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/89); new base A (16/17); total (73/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGC > NC_000913/317467‑317664 | cacaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg > 1:2532118/1‑100 (MQ=255) caAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattgat < 1:110511/100‑1 (MQ=255) tccgatcttCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 2:2026738/93‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAACTACATGATTGata < 2:2584008/100‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 2:3283845/100‑1 (MQ=255) aaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGCATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATCGatat < 2:620060/100‑1 (MQ=255) 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1:296177/100‑1 (MQ=255) ttGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTAc < 1:2803307/100‑1 (MQ=255) tGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTAATATCAATCATGTAtttttac < 2:4057700/100‑4 (MQ=255) tGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATACTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTAATATCAATCATGTAtttttac < 2:402407/100‑4 (MQ=38) gggTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAAGCCGGAATTTGTCCGTGGTTGTCTTGCTCTAAACATACATGCTGAATATCAGTCATGTAtttttaaa < 2:3376537/100‑5 (MQ=255) gTTATGTTGGGTAGTCTGTAAAACATTGTAATCCTGAATTTTTTCTTTGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGGTTAATATCAATCATGTAtttttacag < 2:1855261/99‑6 (MQ=21) ttATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTAATATCAATCATGTAtttttacagca < 2:1677842/100‑8 (MQ=37) tATGTTGGTGAGTCGGTAAAATATTTTAATACTGAATTTATTCGTGGTTGTCTTGCTATAAAAATACATTATTAATATCAATCATGTAtttttacag < 2:188320/97‑6 (MQ=21) aTGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAgac > 2:29671/1‑100 (MQ=255) ttGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAgacgac < 2:440147/100‑1 (MQ=255) tGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACa < 2:2911786/100‑1 (MQ=255) aGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAc < 2:73264/100‑1 (MQ=255) gTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAcc < 1:3388649/100‑1 (MQ=255) ggTAAAAGATTTTAAGCCTGAATTTGCTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATCAATCATGTATTTTACCTAATACGACAAAAACCttt < 2:1516118/100‑1 (MQ=38) ggTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCttt > 1:3722764/1‑100 (MQ=255) ggTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCttt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |