| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,002,402 | G→A | 15.3% | intergenic (+26/+17) | corA → / ← yigF | magnesium/nickel/cobalt transporter/DUF2628 family putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,002,402 | 0 | G | A | 15.3% | 419.8 / 52.7 | 167 | intergenic (+26/+17) | corA/yigF | magnesium/nickel/cobalt transporter/DUF2628 family putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (79/62); new base A (15/11); total (94/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CTGGCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACATAGGCTGCTACGG > NC_000913/4002303‑4002501 | cTGGCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTgg < 1:3421624/100‑1 (MQ=255) tGGCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGc < 2:138708/100‑1 (MQ=255) ggCGCGTTTATCTTTCTGATCCTCGCGGCACTGGCAGCGTAACTGTACTTTAAGCGGACGAATTGGTTGTACAAAACGAGAGCTGTGGCTTAGCCTAGc < 2:3944882/99‑1 (MQ=255) ggCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCt < 1:2403284/100‑1 (MQ=255) ggCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCt < 1:2276835/100‑1 (MQ=255) ggCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCt < 1:2591409/100‑1 (MQ=255) ggCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCt > 2:835288/1‑100 (MQ=255) gcgcGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTa > 1:2050013/1‑100 (MQ=255) gcgATTATCTTTATGATCCTCTCGGGCCTGGCACCGTATCTTTACTTTTAGCGGAAGAACTGGTTGTACAAAACGAGAGCGGTGCCTTAGTCTAGCTAAg > 2:1628889/1‑100 (MQ=255) aTTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCa > 2:383648/1‑100 (MQ=255) ttATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGCCAGACTAAGCCAc < 1:395106/100‑1 (MQ=255) ttATCTTCATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTGAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGACTAAGCCAc < 2:1940811/100‑1 (MQ=255) tATCTTTATTATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCAcc < 2:1858347/100‑1 (MQ=255) tATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCAcc < 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tttATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGtt < 1:1566132/100‑1 (MQ=255) ttATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTa < 1:859012/100‑1 (MQ=255) aTGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTAtt > 1:2316541/1‑100 (MQ=255) tGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTc > 1:912855/1‑100 (MQ=255) gATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCa > 2:1460746/1‑100 (MQ=255) aTCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCaa > 1:1872222/1‑100 (MQ=255) tCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCaaa > 1:11779/1‑100 (MQ=255) cTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAgg > 1:3060545/1‑100 (MQ=255) gcgGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTc > 2:2704547/1‑100 (MQ=255) gggCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCa > 2:1687784/1‑100 (MQ=255) gggCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCa < 2:2854193/100‑1 (MQ=255) ggCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAg > 2:3138042/1‑100 (MQ=255) gCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGCGCGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAgg > 1:2922798/1‑100 (MQ=255) gCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAgg < 1:581714/100‑1 (MQ=255) ccTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGt < 1:2763072/100‑1 (MQ=255) gatctaCCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTa < 1:102373/95‑1 (MQ=255) gCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTAttt > 1:1714771/1‑100 (MQ=255) gCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTAttt > 1:537559/1‑100 (MQ=255) cACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTa > 2:3174860/1‑100 (MQ=255) aacGTATCTGTACTTTGAGCGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTAtt < 2:2191649/95‑1 (MQ=255) aCCGTATCTGTACTCTAAGCGCAAGAACTGGTTGTAAAACACGAGCGTGGTGGCTTAGTATGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTa < 2:4121961/99‑1 (MQ=255) aCCGTATCTGTACGTTAAGCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAg < 2:1736059/92‑1 (MQ=255) cGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAAcc > 2:2035448/1‑100 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agagCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACa < 1:99506/100‑1 (MQ=255) acaggTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGc > 1:368003/4‑100 (MQ=38) acaggTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGc > 1:134738/4‑100 (MQ=38) aggTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCaa > 1:1662171/2‑100 (MQ=39) ggTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAAc > 1:3660618/1‑100 (MQ=255) ggTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAAc > 1:1073291/1‑100 (MQ=255) ggTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAAc > 1:370327/1‑100 (MQ=255) gTGGCTTAGCCAGACTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACa > 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ggCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACATAGGCTGCTACg > 2:3643164/1‑100 (MQ=255) ggCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACATAGGCTGCTACg > 2:381320/1‑100 (MQ=255) gCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACATAGGCTGCTACgg < 1:2138796/100‑1 (MQ=255) gCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACATAGGCTGCTACgg > 1:106944/1‑100 (MQ=255) | CTGGCGCGATTATCTTTATGATCCTCGCGGGCCTGGCACCGTATCTGTACTTTAAGCGGAAGAACTGGTTGTAAAAAACGAGAGCGGTGGCTTAGTCTGGCTAAGCCACCTGTTATTCAAAGGCTCCAGGTATTTAACCCTTTTACCTCTTTCTCATAGAACCATTTGTTCGTGTTAACAGCAACATAGGCTGCTACGG > NC_000913/4002303‑4002501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |