| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,439,845 | T→A | 16.2% | intergenic (+52/+27) | ytfK → / ← ytfL | DUF1107 family protein/UPF0053 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,439,845 | 0 | T | A | 16.2% | 540.5 / 85.6 | 217 | intergenic (+52/+27) | ytfK/ytfL | DUF1107 family protein/UPF0053 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/104); new base A (19/16); total (96/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATC > NC_000913/4439746‑4439944 | tCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAt > 2:3721708/1‑100 (MQ=255)tCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAt < 1:4106336/100‑1 (MQ=255) ccGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAtt > 2:2464222/1‑100 (MQ=255) cGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTc < 2:2877479/100‑1 (MQ=255) cGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTc > 1:3375431/1‑100 (MQ=255) cGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATc < 2:1077764/100‑1 (MQ=255) 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aaaCAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTAc < 2:479421/99‑1 (MQ=255) aaCAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATCCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTAcgc < 1:2820854/100‑1 (MQ=255) gaTGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCt > 1:1633594/1‑100 (MQ=255) gCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTttct < 1:3960454/100‑1 (MQ=255) gCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTttct < 2:3367838/100‑1 (MQ=255) cTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTttctt > 1:822739/1‑100 (MQ=255) tAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGTTCCTGATTCAGGAGCCTTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTtcttct < 2:4179346/100‑1 (MQ=255) aaCCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTcttctt > 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1:191325/100‑1 (MQ=255) agtaaaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAg > 1:3718357/1‑99 (MQ=255) gtaaaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGc > 1:3907928/1‑100 (MQ=255) aaaaagtgctatgcagtaaTAATACGGCTCCTGAGTCAGGAGCCGTTTATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAg > 1:1822775/1‑100 (MQ=255) aaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGTAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTGGCGTCCGGCAg > 2:4039664/1‑98 (MQ=255) aagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGttt > 1:3528065/1‑100 (MQ=255) aagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGttt < 2:2325849/100‑1 (MQ=255) agtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGtttt < 2:2984556/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |