| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 721,004 | T→A | 16.1% | intergenic (+164/+52) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,004 | 0 | T | A | 16.1% | 468.4 / 73.6 | 180 | intergenic (+164/+52) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/95); new base A (16/13); total (72/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
AAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCG > NC_000913/720905‑721103 | gATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTTTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttat > 2:3111228/1‑100 (MQ=255) aTCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt < 2:3744298/100‑1 (MQ=255) cAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTCTTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat > 1:1001212/1‑100 (MQ=255) cAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt > 2:1271026/1‑98 (MQ=255) aaTCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattatt > 2:3225513/1‑100 (MQ=255) aaTATTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTAAGTAACATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattatt < 1:189970/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |