| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 721,011 | T→A | 16.0% | intergenic (+171/+45) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,011 | 0 | T | A | 16.0% | 474.2 / 73.1 | 181 | intergenic (+171/+45) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/95); new base A (16/13); total (73/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGG > NC_000913/720912‑721110 | cAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTCTTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat > 1:1001212/1‑100 (MQ=255) aaTCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattatt > 2:3225513/1‑100 (MQ=255) tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc < 2:917596/100‑1 (MQ=255) tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc < 2:1883737/100‑1 (MQ=255) atttctttATTGTTGATCTTTTTAGTGAGTAATACAAAATATTGAATTGTTATTTTTTTGTGTTTTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTAGTATGACGGCtt < 2:2200680/100‑1 (MQ=255) atttatttAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGCATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCtt > 1:2981048/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |