| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 468,271 | (T)8→7 | intergenic (+41/‑112) | cof → / → ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 468,264 | 0 | T | . | 98.1% | 464.9 / 2.0 | 104 | intergenic (+34/‑119) | cof/ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base . (64/38); total (66/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGA > NC_000913/468168‑468359 | gCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttt > 2:1518951/1‑100 (MQ=255) gTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGttttttt < 1:1353294/100‑1 (MQ=255) ctcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttttttgcgt > 1:1928565/1‑96 (MQ=255) ctcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttttttgcgt < 1:272154/100‑5 (MQ=255) tcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGtt > 1:424364/1‑100 (MQ=255) cACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCTCTTCCAGCACCGGGCCATTGCCCGGttgtttgcgtt > 2:203127/1‑93 (MQ=255) 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ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg > 2:2577292/1‑100 (MQ=255) ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg < 2:1873122/100‑1 (MQ=255) ttGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTg < 1:628067/100‑1 (MQ=255) gACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTc > 2:2572231/1‑100 (MQ=255) gACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑‑TTTTTTGCGTTGAATTTGTCa > 1:1429930/1‑100 (MQ=255) cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt > 2:365551/1‑100 (MQ=255) cGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAt < 1:2527573/100‑1 (MQ=255) 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ggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtgtg > 1:1121088/1‑100 (MQ=255) ggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtg > 1:990097/1‑98 (MQ=255) ggctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAAATGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtgtg > 2:2154488/1‑100 (MQ=255) gctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTtgtg < 1:2982957/99‑1 (MQ=255) ctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGTGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGcc > 1:1268148/1‑100 (MQ=255) ctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGcc > 1:2358910/1‑100 (MQ=255) ggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgt > 1:1312445/1‑100 (MQ=255) ggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgt > 2:298317/1‑100 (MQ=255) gACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtg < 2:513334/100‑1 (MQ=255) tATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtggtg > 2:2856085/1‑100 (MQ=255) tATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtggtg < 2:1079219/100‑1 (MQ=255) aTCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGgtgt > 2:1229719/1‑100 (MQ=255) aTCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGgtgt > 2:556982/1‑100 (MQ=255) aTCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGgtgt > 2:1661649/1‑100 (MQ=255) tCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGtt > 2:837871/1‑100 (MQ=255) 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2:2173144/1‑100 (MQ=255) aCCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGc > 1:814895/1‑99 (MQ=255) ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGcac < 2:1282711/100‑1 (MQ=255) ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGcac < 1:1721345/100‑1 (MQ=255) ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGca < 1:1769798/99‑1 (MQ=255) cTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGcaca < 1:6810/100‑1 (MQ=255) tATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGa < 1:1588048/100‑1 (MQ=255) aTTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGaa > 1:2397187/1‑100 (MQ=255) 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tCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAc > 2:813783/1‑100 (MQ=255) cccTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAcc > 2:533099/1‑100 (MQ=255) cccTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTGTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCAcc < 1:545813/100‑1 (MQ=255) cTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCtt > 1:336563/1‑100 (MQ=255) ttCCAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCttt > 1:419474/1‑100 (MQ=255) cAGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaa > 2:2972537/1‑100 (MQ=255) aaaaaCCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaa > 2:505867/5‑100 (MQ=255) aGCACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaa < 2:2918899/100‑1 (MQ=255) cACCGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaata > 2:810876/1‑100 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa > 1:2882329/1‑100 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa < 1:164928/100‑1 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa < 2:2196034/100‑1 (MQ=255) ccGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTCTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaa < 1:2154478/100‑1 (MQ=255) cGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTT‑TGTTTAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaaa > 1:1914847/1‑100 (MQ=255) cGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaaa < 1:2242182/100‑1 (MQ=255) cGGGCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaataaaa > 1:1909708/1‑100 (MQ=255) gCAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTa > 2:2455541/1‑100 (MQ=255) cAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCTTTTAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCCCCTTTAAAATAAAATTa > 1:409493/1‑99 (MQ=255) cAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaa > 1:1025993/1‑100 (MQ=255) cAATTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaa > 2:1522321/1‑100 (MQ=255) aaTTGCCTGG‑TTGTGTTGCGTTGAATTTCTCATATTATCACTTGGTGTTTAAAACGCACAAAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTTAAATAAAAtt < 1:1525342/97‑1 (MQ=255) aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 2:30749/100‑1 (MQ=255) aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:772423/100‑1 (MQ=255) aTTGCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:1119651/100‑1 (MQ=255) gCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAagag > 2:362170/1‑100 (MQ=255) gCCCGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAagag > 1:1231291/1‑100 (MQ=255) cccGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga < 1:2577278/100‑1 (MQ=255) cccGG‑TTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga > 2:2684030/1‑100 (MQ=255) | GCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGA > NC_000913/468168‑468359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |