| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,541,791 | G→A | G462D (GGT→GAT) | feoB → | ferrous iron transporter protein B and GTP‑binding protein; membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,541,791 | 0 | G | A | 96.8% | 204.8 / ‑1.7 | 62 | G462D (GGT→GAT) | feoB | ferrous iron transporter protein B and GTP‑binding protein; membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (30/30); total (32/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
TGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATG > NC_000913/3541695‑3541886 | tGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGatat < 2:1867534/100‑1 (MQ=255) ccTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATtgt < 2:929373/100‑1 (MQ=255) ccTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATtgt < 2:2465211/100‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATtgtg > 2:1147760/1‑100 (MQ=255) cTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATtgtg > 1:756349/1‑100 (MQ=255) cTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATtgtg > 2:756349/1‑100 (MQ=255) gcgcgcGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATggn < 2:1310699/100‑2 (MQ=255) ttccgatcttCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCt < 2:602188/91‑1 (MQ=255) ttccgatcttCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCt < 1:602188/91‑1 (MQ=255) tGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGAc < 2:2008542/100‑1 (MQ=255) ggCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACt < 2:777478/100‑1 (MQ=255) ggCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACt < 1:777478/100‑1 (MQ=255) gCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTg > 2:1131532/1‑100 (MQ=255) tATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGc > 2:1545492/1‑100 (MQ=255) tATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGc > 2:918907/1‑100 (MQ=255) aTCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGcc < 2:1261295/100‑1 (MQ=255) ctcAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTTGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATg < 2:2173668/98‑1 (MQ=255) gCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGAtac < 2:1716256/100‑3 (MQ=255) gCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGc > 2:1365301/1‑100 (MQ=255) aGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTc > 2:1941351/1‑100 (MQ=255) ttCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGt < 2:1618388/100‑1 (MQ=255) cgcgGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTac > 2:186424/1‑100 (MQ=255) cgcgGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTac > 1:186424/1‑100 (MQ=255) cgcgGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTac > 2:1377701/1‑100 (MQ=255) gCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACcatca < 2:2371882/100‑1 (MQ=255) ccTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACcatcat > 2:459257/1‑100 (MQ=255) ccTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACcatcat > 1:459257/1‑100 (MQ=255) cttcttCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATg > 1:566967/1‑100 (MQ=255) cttcttCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATg > 2:566967/1‑100 (MQ=255) cttcttCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATg > 1:89386/1‑100 (MQ=255) cttcttCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATg > 2:89386/1‑100 (MQ=255) ttcttcGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATgc < 2:1388286/100‑1 (MQ=255) cGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGt < 2:680727/100‑1 (MQ=255) cGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGt > 2:308804/1‑100 (MQ=255) cGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGt > 1:308804/1‑100 (MQ=255) cGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGt < 1:680727/100‑1 (MQ=255) ggCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGa > 2:1918688/1‑100 (MQ=255) aGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAg < 1:737244/99‑1 (MQ=255) aGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAg < 2:737244/99‑1 (MQ=255) gAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCg < 1:192894/100‑1 (MQ=255) gAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCg < 2:192894/100‑1 (MQ=255) gAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCg > 2:1301681/1‑100 (MQ=255) gcgcTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGt > 2:1139732/1‑100 (MQ=255) cgcTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGtt > 2:1697627/1‑100 (MQ=255) gcTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGttt > 2:926792/1‑100 (MQ=255) ggCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTc > 2:1085772/1‑100 (MQ=255) gCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCa < 2:2286104/100‑1 (MQ=255) gTCTTCTCGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATgg < 2:2547121/100‑1 (MQ=255) tctcGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGtt > 2:2287609/1‑100 (MQ=255) ctcGCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTg < 2:947251/100‑1 (MQ=255) gCTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCg < 2:928803/100‑1 (MQ=255) cTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCgg < 2:785341/100‑1 (MQ=255) cTGTATATGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCgg < 1:785341/100‑1 (MQ=255) atatGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTa > 2:698590/1‑100 (MQ=255) atatGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTa > 1:698590/1‑100 (MQ=255) tatGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTAt > 2:632488/1‑100 (MQ=255) tatGCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTAt > 1:632488/1‑100 (MQ=255) gCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCAt < 2:821070/100‑1 (MQ=255) gCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCAt > 2:2154236/1‑100 (MQ=255) gCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCAt < 1:821070/100‑1 (MQ=255) gCTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCAt > 2:1638682/1‑100 (MQ=255) cTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATg < 2:644034/100‑1 (MQ=255) cTGGATATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATg < 1:644034/100‑1 (MQ=255) | TGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATG > NC_000913/3541695‑3541886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |