| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2232735 | NA (NA) | 8 (0.070) | 7/166 | NT | NA | intergenic (+7/‑143) | cdd/sanA | cytidine/deoxycytidine deaminase/DUF218 superfamily vancomycin high temperature exclusion protein |
| ? | NC_000913 | = 2232765 | NA (NA) | noncoding (30/34 nt) | REP155 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP155 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
AAGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGG > NC_000913/2232637‑2232834 | aGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgc > 1:763527‑M1/1‑98 (MQ=255) gctgATGCCCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCGCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGCCACCCTCTCGACCGAGCGCTGCTCGCTTAAGCCTCG‑‑Tg > 1:1093075/4‑98 (MQ=255) ccGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccg > 1:2568591‑M1/1‑96 (MQ=255) gATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccgga < 2:1277334‑M1/100‑7 (MQ=255) aTGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGAt < 1:92120/100‑1 (MQ=255) ccGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATgcggc < 2:2592921/100‑1 (MQ=255) ccGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATgcggc < 1:1679974/100‑1 (MQ=255) cGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATgcggcg < 1:401748/100‑1 (MQ=255) cGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATgcggcg < 1:61773/100‑1 (MQ=255) cGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATgcggcg < 2:3578562/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAAc < 1:2936914/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAAc < 1:1089291/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCAGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAAc > 2:1121258/1‑100 (MQ=255) ttCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACg < 2:1738402/100‑1 (MQ=255) tCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGc > 2:2608366/1‑100 (MQ=255) cAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGcc > 1:492305/1‑100 (MQ=255) aGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCt < 2:711930/100‑1 (MQ=255) aGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCt < 1:2137250/100‑1 (MQ=255) gTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt < 1:1443557/100‑1 (MQ=255) gTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt > 2:3414249/1‑100 (MQ=255) tGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTg < 2:463567/100‑1 (MQ=255) gggATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGT < 1:990233‑M2/100‑1 (MQ=255) gggATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGT < 2:2480043‑M2/100‑1 (MQ=255) aTGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGATTAAGCCTGG‑‑TGACGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCG < 2:2177602‑M2/100‑1 (MQ=255) tGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGG < 2:810690‑M2/100‑1 (MQ=255) tGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGG < 2:1950143‑M2/100‑1 (MQ=255) gCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGC > 1:2703443‑M2/1‑100 (MQ=255) gCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGC > 1:3087536‑M2/1‑100 (MQ=255) ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccggacaaggcgttcacgccgcatccggca < 2:3145248‑M1/100‑32 (MQ=255) ccACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCt > 2:2361570/1‑100 (MQ=255) cACCTCCGGAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccggacaaggcgttcacgccgcatccggc < 1:1222259‑M1/98‑31 (MQ=255) atcTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCCGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTg < 1:2266987/98‑1 (MQ=255) ccTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccggacaaggcgttcacgccgcatccggcacc < 2:2486947‑M1/99‑34 (MQ=255) ccTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGc < 2:1325072/100‑1 (MQ=255) cTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGcc < 1:3093938/100‑1 (MQ=255) tCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCa < 1:2361556/100‑1 (MQ=255) ccGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccggacaaggcgttcacgccgcatccggcaccag < 1:2829072‑M1/98‑36 (MQ=255) ccGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAg < 1:2505221/100‑1 (MQ=255) cGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccggacaaggcgttcacgccgcatccggcaccaggct < 1:1177884‑M1/100‑39 (MQ=255) cAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGccc < 1:3294594/100‑1 (MQ=255) cAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGccc < 2:3387812/100‑1 (MQ=255) cAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGccc < 1:1345610/100‑1 (MQ=255) aCGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCctc < 1:3657058/100‑1 (MQ=255) cGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑Tgccggacaaggcgttcacgccgcatccggcaccaggcttaagc < 1:2723463‑M1/100‑44 (MQ=255) cGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCctct > 1:60348/1‑100 (MQ=255) tGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCt > 2:3131215/1‑100 (MQ=255) gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTg > 2:135701/1‑100 (MQ=255) gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTg > 2:3439334/1‑100 (MQ=255) gAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTg > 2:2723177/1‑100 (MQ=255) gCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGgtgt > 1:835980/1‑100 (MQ=255) ctctCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGCAAgccggaaaaggcgttcacgccgcatccggcaccaggcttaagcgagaagn < 1:3385655‑M1/100‑51 (MQ=255) ctctCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTc > 2:2738074/1‑100 (MQ=255) ctctCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTc < 2:1097371/100‑1 (MQ=255) tctcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCg > 1:1109977/1‑100 (MQ=255) tctcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCg < 1:1950133/100‑1 (MQ=255) 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< 2:2387596/100‑1 (MQ=255) acaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGc < 2:1977296/100‑1 (MQ=255) acaGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGc < 1:2765683/100‑1 (MQ=255) caGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCa > 1:1488035/1‑100 (MQ=255) caGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCa > 2:2741052/1‑100 (MQ=255) aTCGGCCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACa > 1:3707501/1‑100 (MQ=255) aTCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAAc > 1:3365781/1‑99 (MQ=255) aTCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACa > 1:1042921/1‑100 (MQ=255) 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aGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAc > 2:2228839/1‑100 (MQ=255) gCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCTGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAAcc < 1:2629557/100‑1 (MQ=255) ccTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCaccaggcttaagcgagaagcactcggtcgatactgtgacagccgagagctttcagcgttgcgga < 2:313569‑M2/100‑65 (MQ=255) gg‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCg > 2:3465492/1‑100 (MQ=255) gg‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCg > 1:2161848/1‑100 (MQ=255) g‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGTCAGCATTCTCCTGGTATCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCATTTCTTGCGCAAAACCAGCgg < 1:512677/100‑1 (MQ=38) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCggg < 2:3079099/100‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCggg > 1:1722251/1‑100 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCggg < 2:1063513/100‑1 (MQ=255) | AAGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGG‑‑TGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGG > NC_000913/2232637‑2232834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |