| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,413,966 | T→A | 17.4% | intergenic (‑39/+18) | ralR ← / ← recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,966 | 0 | T | A | 17.4% | 372.5 / 68.9 | 149 | intergenic (‑39/+18) | ralR/recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/61); new base A (8/18); total (70/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCTTT > NC_000913/1413868‑1414065 | tttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCAt < 1:1342874/99‑1 (MQ=255) ttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTa < 1:2450046/100‑1 (MQ=255) cACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTaca > 1:587828/1‑100 (MQ=255) cACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTATCTCAGAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTaca > 1:2513584/1‑100 (MQ=255) aCCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTacac < 2:3702714/100‑1 (MQ=255) cGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTAATAAAAAATATTTCAAGTTGGCAGTAGATTacact > 1:3355679/1‑98 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |