| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,413,968 | A→G | 17.8% | intergenic (‑41/+16) | ralR ← / ← recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,968 | 0 | A | G | 17.8% | 326.4 / 58.9 | 148 | intergenic (‑41/+16) | ralR/recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/62); new base G (8/18); total (67/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCCTTTTC > NC_000913/1413869‑1414067 | ttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTa < 1:2450046/100‑1 (MQ=255) cACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTATCTCAGAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTaca > 1:2513584/1‑100 (MQ=255) aCCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTacac < 2:1144838/100‑1 (MQ=255) ttccgatctgACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGCTGGCGGTGTAATGCACCGcc < 1:3348544/91‑1 (MQ=255) tACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGTAATGCACCGCCa > 1:680547/1‑100 (MQ=255) tACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCa > 2:2211758/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |