| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 662673 = | 155 (1.100) | 8 (0.060) | 7/178 | 16.4 | 5.6% | intergenic (‑31/+79) | ybeD/dacA | UPF0250 family protein/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase (penicillin‑binding protein 5) |
| ? | NC_000913 | 662697 = | 133 (1.050) | intergenic (‑55/+55) | ybeD/dacA | UPF0250 family protein/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase (penicillin‑binding protein 5) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
AAATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/662781‑662673‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgggagttTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGA > NC_000913/662697‑662795 AAATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTG > 2:2866376/1‑100AAATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTG > 1:2952249/1‑100AAATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACAAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTG < 1:751389/100‑1 AATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGG > 2:1810239/1‑100 ATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGC < 2:817902/100‑1 TTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCG < 2:2305846/100‑1 TAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGG < 2:1568301/100‑1 AATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGG < 2:371729/100‑1 AATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACCTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGG < 2:2473242/100‑1 ATGTTCCATCACTGGTCTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGA < 1:257521/100‑1 TGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAG > 2:793116/1‑100 TGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATAAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAG > 1:1564848/1‑100 GTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGT > 1:639055/1‑100 CTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAA > 2:2281930/1‑100 nCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAAT > 2:225232/2‑100 tGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGT < 1:282872/99‑1 AGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGCTTTTTACTGATGCGTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCA > 2:1007916/1‑98 GTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTa > 2:282873/1‑99 TAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGA > 1:2543984/1‑100 AAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGG > 1:976554/1‑100 AACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAA > 1:2410380/1‑100 GCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTA < 1:3269643/100‑1 CGGGCGTTTTTTACTGATGCTTAGAATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAA > 1:244462/1‑100 CGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTA > 1:855078/1‑99 GGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAAT > 1:1259673/1‑100 GAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCA < 2:837567/100‑1 AGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAA > 2:3394211/1‑100 GTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAAT > 2:385359/1‑100 GTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAAT < 1:60676/100‑1 TTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAAT < 1:3394188/99‑1 TTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGA > 2:3286018/1‑100 TTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGA > 2:1044179/1‑100 AAATTAATGTTCCATCACTGGTTTGGTTAAAAATTAAACACTTGAAAGTGTAATTTCCGTCCCCATATACTAAGCATCAGTAAAAAACTCCCGCCTTCTGGCGGGAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/662781‑662673‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgggagttTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGA > NC_000913/662697‑662795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |