| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2304722 = | 37 (0.340) | 16 (0.160) | 5/164 | NT | 32.0% | noncoding (306/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 2304817 = | NA (NA) | noncoding (401/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAC > NC_000913/2304623‑2304821 | ttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgca > 2:641334‑M1/100‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATGCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 2:2139965‑M2/1‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:2253428‑M2/100‑1 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:2988727‑M2/100‑1 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:2356497‑M2/100‑1 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT < 1:578364‑M2/100‑1 (MQ=255) gggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATc < 1:3109874‑M1/3‑1 (MQ=255) gggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtgccgcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATc < 2:834127‑M1/3‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:2533960‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:1837492‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 2:2392994‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:2124938‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCCACACCCCGGAGGTCCGATAATGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 1:441919‑M2/1‑100 (MQ=255) ggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgggccagcgtcgcATCa < 1:3059414‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCa < 1:405879‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCa < 2:709402‑M1/4‑1 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 1:1966675‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGACAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 2:2787809‑M2/1‑100 (MQ=255) gcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg > 1:87643‑M1/96‑100 (MQ=255) gcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg < 2:1303783‑M1/5‑1 (MQ=255) gcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg > 1:357226‑M1/96‑100 (MQ=255) gcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg < 1:1452332‑M1/5‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCGCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 1:3094259‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:880301‑M2/99‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGATACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGTCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:1868544‑M2/100‑1 (MQ=255) cgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgtgccagcgtcgcATCAgg < 2:358069‑M1/6‑1 (MQ=255) cgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCa < 1:781833‑M1/4‑1 (MQ=255) cgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAgg > 1:641708‑M1/95‑100 (MQ=255) cgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAgg < 1:1709107‑M1/6‑1 (MQ=255) gttccctgccggatgcggcgtaaacgccgtatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgca > 2:1809964‑M1/94‑94 (MQ=255) gttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg < 2:1085687‑M1/5‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 1:1284972‑M2/100‑1 (MQ=255) aGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:2879660‑M2/1‑99 (MQ=255) tGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGcc < 2:26814‑M2/97‑3 (MQ=255) tCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGccttcgcc < 2:500456‑M2/100‑9 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGcactccac < 2:2878206‑M2/99‑9 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTCATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGccttccc < 2:1424780‑M2/98‑8 (MQ=255) aCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTGATCGGGCctgcgccg < 2:1477512‑M2/99‑9 (MQ=255) acctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAggtcg < 1:103648‑M1/42‑3 (MQ=255) caacGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacc < 2:2714044‑M2/99‑52 (MQ=255) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg < 1:713254/100‑1 (MQ=11) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc > 1:1308326/1‑100 (MQ=32) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtgcc > 2:2060628‑M2/1‑38 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtgc < 1:2060645‑M2/99‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtgga < 1:2148226‑M2/100‑63 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtgg < 2:1823935‑M2/99‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg < 2:2935997/97‑1 (MQ=11) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa < 1:747411/100‑1 (MQ=32) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggcgc < 2:904396‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagc < 1:2710022‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt > 2:1315713/1‑99 (MQ=32) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc > 1:1293826/1‑100 (MQ=33) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCATCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatgcgacctacggggttcagc < 2:2742878‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATACGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtgccgc < 2:2387304‑M2/100‑65 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctccggggtggagca < 1:711571‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 2:2633357/100‑1 (MQ=35) 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gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTC‑‑‑‑‑AGGCaaccggcttgggcgttagatgtcgggtgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacag < 1:2199742‑M2/100‑74 (MQ=255) cctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACg < 1:2526460‑M1/76‑1 (MQ=255) cctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGCTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAAc < 2:1216386‑M1/75‑1 (MQ=255) cctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACg < 2:2279944‑M1/76‑1 (MQ=255) ccTGATGCGACCCTGGCGCGTCTTATCCGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa < 2:1242126/98‑1 (MQ=255) ccgATCCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc < 1:193727/96‑1 (MQ=255) cTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATccn < 2:358099/96‑2 (MQ=25) cTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt > 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GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAC > NC_000913/2304623‑2304821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |