| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,057,603 | G→A | 15.9% | intergenic (+29/+424) | yeeN → / ← asnW | UPF0082 family protein/tRNA‑Asn |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,057,603 | 0 | G | A | 15.9% | 349.0 / 46.2 | 149 | intergenic (+29/+424) | yeeN/asnW | UPF0082 family protein/tRNA‑Asn |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/47); new base A (6/18); total (84/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AAGGGCTTGTTGATGCCCTTGAAGATGACGACGATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTTATAAAAAATATAATATTCAACTCGTCATATTGATTATACCCCCCCGTTCCCAGAGAAATAATATTTATTAA > NC_000913/2057504‑2057702 | gggCTTGTTGATGCCCTTGAAGATGACGACGATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCa > 1:1924176/1‑100 (MQ=255) gCTTGTTGATGCCCTTGAAGATGACGACGATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGa > 1:2802224/1‑100 (MQ=255) cTTGTTGATGCCCTTGAAGATGACGACAATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGAt < 2:238855/100‑1 (MQ=255) tgttgATGCCCTTGAAGATGACGACGATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGAttt > 2:2937275/1‑100 (MQ=255) gATGCCCTTGAAGATGACGACGATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCttt > 2:35211/1‑100 (MQ=255) gATGCCCTTGAAGATGACGACGATGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCttt > 1:3008701/1‑100 (MQ=255) 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1:1761121/1‑100 (MQ=255) gacgaTGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTta < 1:1216278/100‑1 (MQ=255) acgaTGTACAAAAATTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTta < 2:1479812/99‑1 (MQ=255) gatcttACAAAAAGTTTATCTTAACGTAGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATATGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTtata < 2:256778/95‑1 (MQ=255) cgaTGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTtata > 1:2616808/1‑100 (MQ=255) aTGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTTATaaa > 1:1042176/1‑100 (MQ=255) tGTACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTTATaaaa < 1:1440569/100‑1 (MQ=255) tACAAAAAGTTTATCATAACGTCGCAAATCTCTAATTATCTTTTAAAGAAATCTGTCTTTACGGCAGATTTCTTTAATCTCATATAATTCTTATaagatc > 1:256780/1‑96 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |