| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304766 | NA (NA) | 19 (0.150) | 6/170 | NT | NA | noncoding (350/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304782 | NA (NA) | noncoding (366/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2304664‑2304766‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGGC < NC_000913/2304782‑2304684 CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTG > 2:299698/1‑100CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTCGGTTG > 1:3591708/1‑100CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTG < 2:186077/100‑1CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTG < 1:3593631/100‑1CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTG > 1:2899779/1‑100 GCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGGAGTGCTCCACCCCGGAGGTTGG > 1:384861/1‑100 GCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG < 2:3591735/100‑1 GCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG > 1:1160657/1‑100 GCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG > 2:123572/1‑100 GCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG < 2:90094/100‑1 GCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG > 1:1043346/1‑100 GCCGCACCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG < 1:3019542/100‑1 CCGCATCCTACATTTAACGCCCTTTCCGGTTGCCTGATGCGACGTTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACTCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG < 1:3526194/99‑1 CCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGA > 2:3618152/1‑100 CCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGA > 1:1028901/1‑100 CCGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGA < 1:3142786/100‑1 cgcaacgcACATCCGACCCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGG < 1:1987712/90‑1 CGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAT < 2:2961165/100‑1 CGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAT > 2:2660454/1‑100 CGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAT < 2:1380294/100‑1 CGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACAGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAT > 1:2234885/1‑100 ccaacgtccgAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTATCCG > 2:778718/11‑100 ccgAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATC < 1:2468792/97‑1 CCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATC < 2:370342/100‑1 CCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATC < 2:1905743/100‑1 cgAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCC < 2:3552572/98‑1 cgAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCC < 2:2238017/98‑1 cacGCCGGTCGCCCGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCC < 1:3365477/97‑1 AAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCA < 2:2351205/100‑1 AGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCA < 2:2352229/99‑1 ggCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGAC < 2:999369/98‑1 GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAAC < 1:2439337/100‑1 GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAAC < 2:2454827/100‑1 GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGAC < 2:1479044/100‑1 GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCC < 1:3112117/97‑1 CGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAAC < 1:878742/98‑1 TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGGGTGGAG < 2:2615944/100‑1 GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGC < 1:778713/100‑1 GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGGGTGGAGC < 2:1996183/100‑1 CGACGCTGGCGCGTCTCATCAGGCCTACACCGCGGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCA < 1:1110939/100‑1 tcTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGC < 2:728246/98‑1 nTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGC > 1:271855/2‑100 GTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGatcggaaga > 2:2901564/1‑91 GTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGC > 2:2518830/1‑100 GTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGC > 2:1043352/1‑100 GTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGC > 2:2179670/1‑100 TTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATTAGGCGCGGCGGCGTCGCATCAGGCAATCGG > 1:3414266/1‑98 TTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCT > 1:97968/1‑100 TTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCT > 1:1920138/1‑100 TGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGTCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTT > 1:1226197/1‑100 GGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCCCTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGC > 1:627971/1‑97 GGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCaga > 1:728241/1‑97 GGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTG < 2:1226203/100‑1 GGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTG < 2:1931584/100‑1 GGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTG > 2:431392/1‑100 GGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCT > 1:1838985/1‑98 GATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCGTCGCATCAAGCAACCGGCTTcg < 2:2492599/100‑3 GATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGG < 2:1987725/100‑1 ATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGG > 1:748697/1‑100 ATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGG < 1:751537/100‑1 ATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGG < 2:725302/100‑1 ATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGG < 2:2039444/100‑1 ATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGG < 2:2557302/100‑1 TGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGGC > 2:3379546/1‑100 TGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGGC < 2:1252444/100‑1 TGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGCGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGG < 2:913231/98‑1 CGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2304664‑2304766‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACCTACGGGGTGGAGCACTTCACAGCGGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCAACCGGCTTGGGC < NC_000913/2304782‑2304684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |