| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 443,022 | G→A | 16.3% | intergenic (+25/+29) | thiI → / ← yajL | tRNA s(4)U8 sulfurtransferase/oxidative‑stress‑resistance chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 443,022 | 0 | G | A | 16.3% | 344.5 / 52.9 | 148 | intergenic (+25/+29) | thiI/yajL | tRNA s(4)U8 sulfurtransferase/oxidative‑stress‑resistance chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/61); new base A (14/10); total (76/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GGGGTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGCC > NC_000913/442923‑443121 | ggggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg < 2:1691060/100‑1 (MQ=255) gggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGt > 2:3019753/1‑100 (MQ=255) gggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGt > 2:1278888/1‑100 (MQ=255) ggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTc < 1:1684733/100‑1 (MQ=255) ggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTc > 1:2455100/1‑100 (MQ=255) gTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTc < 2:304102/99‑1 (MQ=255) tgaGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATg < 1:681531/100‑1 (MQ=255) gaGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGc > 1:2990609/1‑100 (MQ=255) ccGTCTGCAGGCGCTCGATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAAGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGAc < 1:207186/100‑1 (MQ=255) cGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACg < 2:1185442/100‑1 (MQ=255) cGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACg < 2:2626989/100‑1 (MQ=255) cGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACg < 2:1899417/100‑1 (MQ=255) cGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACg < 2:3535773/100‑1 (MQ=255) gTCTGCAGGCGCGCTATCTGCGCGGGAAGGGCTTGAACAATGTGAAGGGATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACg < 1:1523664/99‑1 (MQ=38) cTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTAAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:2024748/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACGtaaa < 2:1693542/100‑4 (MQ=39) gccggCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTTGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGc < 1:552097/97‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGc < 2:1863182/100‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGACTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAGTTTGTGGTTTTTACGTAGCATCTGGTCAAATGCGACGTTTGc > 1:2767403/1‑100 (MQ=255) cAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGTCGttt > 1:2206760/1‑97 (MQ=255) cAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAAAAATGTGAAGGTATATCGACAGTAATCTGTGGTTTTTACATCACCTCTGATAACATACAACGtttaac > 2:3089760/1‑97 (MQ=255) aGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCg < 2:3189310/100‑1 (MQ=255) aGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCg > 2:3382950/1‑100 (MQ=255) aGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCg < 1:1101493/100‑1 (MQ=255) tgcgcTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAAGGTGAAGGTATATCGCCCGTAGTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGc > 1:3673091/2‑100 (MQ=255) gcgcTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCa > 2:3473084/1‑100 (MQ=255) tctATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCg < 2:971434/100‑1 (MQ=255) tctATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATAGGTGGTTTTTACATCGCATCTGGTCAGATGCGCCGTTTGCCGCATcc > 1:967595/1‑99 (MQ=255) tATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 2:1829826/100‑1 (MQ=255) cTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:338000/100‑1 (MQ=255) gcgcGAGCAGGGATTTAATATTGTGACGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGGTTTTACGTCCCATCGGCTCAGATGCGACGTTTGCCGGATCCGaca < 1:455957/96‑1 (MQ=255) cgcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactact < 1:1611697/100‑1 (MQ=255) gcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 2:1718250/1‑100 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATTGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 2:481484/100‑1 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 2:2781239/100‑1 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:2391114/1‑100 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:924025/100‑1 (MQ=255) gAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGt < 1:1751771/100‑1 (MQ=255) cAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaat > 2:360940/1‑100 (MQ=255) gggCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGCCGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaataa > 2:2126835/1‑100 (MQ=255) gggCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGcaataa > 1:268960/1‑100 (MQ=255) ggCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaataag > 2:3333502/1‑99 (MQ=255) cTTTAAAAATGTGAAGGTATATCGAACGTGATTTGTGGTGATTACGTAGCATATGGTCAGATGTGACGTTTTCTGCATCAGACTCTATTTGTaataaata > 1:2329441/1‑100 (MQ=255) ttAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATtata < 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2:2898175/100‑1 (MQ=255) cTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCAc > 1:3566816/1‑100 (MQ=255) tGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACg < 1:567342/100‑1 (MQ=255) ggTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGc > 1:2731654/1‑100 (MQ=255) ggTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGc > 1:1468524/1‑100 (MQ=255) ggTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGc < 2:2164298/100‑1 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCGCTTCATGGGCTTTTTCACGcc > 2:605292/1‑100 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGcc < 2:420759/100‑1 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGcc < 1:3034239/100‑1 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGcc < 1:1418900/100‑1 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGcc > 2:870086/1‑100 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGGTGTGATGCCACTTCATGTGCTTTTTCACggc < 2:2488763/100‑3 (MQ=255) | GGGGTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGCC > NC_000913/442923‑443121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |