| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1396844 | NA (NA) | 22 (0.180) | 6/174 | NT | 16.0% | noncoding (801/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1428053 = | 118 (0.960) | noncoding (742/1196 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAG > NC_000913/1427954‑1428150 | gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc > 1:2474061‑M2/100‑100 (MQ=255)gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc > 2:2611362‑M2/100‑100 (MQ=255)gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc > 2:522106‑M2/100‑100 (MQ=255)gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc < 1:2191019‑M2/1‑1 (MQ=255)gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc > 1:3320547‑M2/100‑100 (MQ=255)gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc > 1:199149‑M2/100‑100 (MQ=255)gagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc > 2:3356621‑M2/100‑100 (MQ=255)gagagcagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc < 2:2105437‑M2/1‑1 (MQ=255) tCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTcc > 2:130200/1‑100 (MQ=255) agaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgcgcgcccc < 1:1796514‑M2/2‑1 (MQ=255) agaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgcccn < 2:2880630‑M2/2‑2 (MQ=255) ggcgcagtttgtctcagccgatcccggctaccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccc < 2:3083903‑M2/1‑1 (MQ=255) gcgcGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTgg > 1:3257616/1‑100 (MQ=255) cgcgGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGt < 1:1392016/100‑1 (MQ=255) gATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGGCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGcc > 1:1898253/1‑100 (MQ=255) aTTCTGTTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACCCTCGGCGCTGAGCCAGTCCATATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCTTTGGTAGCCg < 1:2134438/100‑1 (MQ=14) aTTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCg > 2:2579783/1‑100 (MQ=255) ttCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCgg < 1:1425078/100‑1 (MQ=255) cTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCa > 2:1179805/1‑100 (MQ=255) tGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCAt > 2:38575/1‑100 (MQ=255) tGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCAt > 1:2178676/1‑100 (MQ=255) cTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCg > 2:3073269/1‑100 (MQ=255) cTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCg > 1:538359/1‑100 (MQ=255) cTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCg > 2:2357793/1‑100 (MQ=255) cTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCg < 1:957374/100‑1 (MQ=255) tCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGc < 2:1293074/100‑1 (MQ=255) tCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGc < 2:1702229/100‑1 (MQ=255) aaGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTg > 2:1053719/1‑100 (MQ=255) aGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTga < 2:2085084/100‑1 (MQ=255) ggTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgag > 2:802996/1‑100 (MQ=40) ggTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgag < 1:1367227/100‑1 (MQ=40) ggTTTTTACCTTCCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTga < 1:2408118/99‑1 (MQ=255) gTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgaga < 2:133002/100‑1 (MQ=255) gTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgaga > 2:1083416/1‑100 (MQ=255) tttttACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAc > 1:842915/1‑100 (MQ=40) ttttACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACa < 1:2866798/100‑1 (MQ=40) ttACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACa > 2:428243/1‑98 (MQ=38) tACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAAt < 2:1996964/100‑1 (MQ=38) cTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGc < 1:3039978/100‑1 (MQ=38) cTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGc < 2:641816/100‑1 (MQ=35) accaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGCGACAAATTGct > 1:2451626‑M2/67‑100 (MQ=255) accaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGct > 2:46680‑M2/67‑100 (MQ=255) accaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGct > 1:278477‑M2/67‑100 (MQ=255) ccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctc > 2:3342316‑M2/66‑100 (MQ=255) ccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctc > 2:707238‑M2/66‑100 (MQ=255) ccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctc > 1:1108667‑M2/66‑100 (MQ=255) ccaaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctc > 2:1002723‑M2/66‑100 (MQ=255) gCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcc < 2:2672153/100‑1 (MQ=38) gCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcc < 1:3114023/100‑1 (MQ=35) aaggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcct > 1:609556‑M2/64‑100 (MQ=255) aggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcctc > 2:1540133‑M2/63‑100 (MQ=255) aggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcctc > 1:2098002‑M2/63‑100 (MQ=255) ggggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCctct > 2:1569190‑M2/62‑100 (MQ=255) gggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCtctc > 2:455914‑M2/61‑100 (MQ=255) gggcgccacagcgcgaggagctggccgaggtgaatgtggactggctgatcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCtctc > 2:3240587‑M2/61‑100 (MQ=255) cGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCAt > 1:1186899/1‑100 (MQ=33) gCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATg < 2:538361/100‑1 (MQ=32) 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2:578070/100‑1 (MQ=38) ccACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTg > 1:2022860/1‑100 (MQ=38) ccACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTg > 1:2255380/1‑100 (MQ=38) cacaTCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGa > 2:1372542/1‑100 (MQ=38) acaTCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGAt > 1:2303611/1‑100 (MQ=38) cACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAgg > 1:649509/1‑100 (MQ=35) cACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAgg > 2:2504352/1‑100 (MQ=38) cACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAgg < 2:3381614/100‑1 (MQ=38) 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tcGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCcg > 2:366771/1‑100 (MQ=38) gttcgccgagcgccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAGTTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGACTGAGGTCATGCTCGTTGGCcgc > 2:2314250‑M2/15‑100 (MQ=255) cgcTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGAATGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCgg > 1:1138156/1‑100 (MQ=38) cTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggtg > 2:2451335/1‑100 (MQ=38) cTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggtg > 1:49277/1‑100 (MQ=38) tgtgGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggtgg < 2:2266872/100‑1 (MQ=38) gtgGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggtggt < 2:717873/100‑1 (MQ=35) tgGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggtgg < 1:160721/98‑1 (MQ=35) ggCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGa > 2:413715/1‑100 (MQ=38) ggCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGa > 1:1961437/1‑100 (MQ=38) cgcTCCTTGGTAGCCGGTATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGAcc > 1:361446/1‑100 (MQ=255) gccCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGACACAAATTGCTCCTCTCCACGAAGCAGACTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGa < 1:3087371‑M2/94‑1 (MQ=255) cTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAg < 2:1023410/100‑1 (MQ=35) | TTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAG > NC_000913/1427954‑1428150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |