| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 132 (1.020) | 81/182 | 0.3 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGAT > NC_000913/1979182‑1979376 | tactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtat > 1:488928‑M2/98‑100 (MQ=255)tactcgccactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcatacaaaacactcaattacttaacataaatgtat > 2:855088‑M2/98‑100 (MQ=255) actcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtata < 1:1124580‑M2/4‑1 (MQ=255) actcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtata < 2:3386930‑M2/4‑1 (MQ=255) ctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 2:833871‑M2/96‑100 (MQ=255) tcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:1345601‑M2/6‑1 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt > 1:3413358‑M2/94‑100 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt > 2:833054‑M2/94‑100 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt > 2:759051‑M2/94‑100 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt > 2:1707292‑M2/94‑100 (MQ=255) gtcactacacgcacttacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTc < 1:2404153‑M2/8‑1 (MQ=255) tacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 1:3441846‑M2/13‑1 (MQ=255) acacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTAGAAGTCATACt > 2:1400664‑M2/87‑99 (MQ=255) cacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttt > 2:2057514‑M2/86‑100 (MQ=255) cacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttt > 1:2086233‑M2/86‑100 (MQ=255) cacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACtt > 1:531501‑M2/86‑99 (MQ=255) cgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttg > 1:3011908‑M2/84‑100 (MQ=255) cacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtt < 1:759047‑M2/19‑1 (MQ=255) catacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt > 1:3249269‑M2/80‑100 (MQ=255) atacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg < 2:3267764‑M2/22‑1 (MQ=255) atacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg < 1:3005591‑M2/22‑1 (MQ=255) tacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg > 2:1404660‑M2/78‑100 (MQ=255) acaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg < 2:488450‑M2/24‑1 (MQ=255) acaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg < 2:377898‑M2/24‑1 (MQ=255) acaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg > 2:1155425‑M2/77‑100 (MQ=255) acaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg < 2:3043876‑M2/24‑1 (MQ=255) caacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt > 1:1037850‑M2/76‑100 (MQ=255) caacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt > 2:2536522‑M2/76‑100 (MQ=255) aacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtg > 1:1673356‑M2/75‑100 (MQ=255) aggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAttt < 2:712967‑M2/31‑1 (MQ=255) gggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCa > 1:2695184‑M2/68‑100 (MQ=255) ggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCaa < 2:106713‑M2/34‑1 (MQ=255) ggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCaa > 1:3202949‑M2/67‑100 (MQ=255) ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATc > 2:1818883‑M2/65‑100 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCt < 1:2167232‑M2/37‑1 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCt < 1:1320405‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg < 2:2322677‑M2/46‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg > 1:2181469‑M2/55‑100 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg > 1:2217206‑M2/55‑100 (MQ=255) caataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 2:3428523‑M2/53‑100 (MQ=255) aataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacatcaatgTATCAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAgttn < 1:1400658‑M2/49‑2 (MQ=255) aataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttt < 2:1989917‑M2/49‑1 (MQ=255) ataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtttt < 1:455711‑M2/50‑1 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:2025619‑M2/50‑100 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 2:2096897‑M2/50‑100 (MQ=255) tgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataactgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgc > 2:328809‑M2/47‑100 (MQ=255) tgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgc < 1:3439644‑M2/54‑1 (MQ=255) cgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgcta > 2:1174984‑M2/45‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |