| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,520,080 | G→T | 15.2% | intergenic (+16/‑182) | curA → / → mcbR | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent/colanic acid and biofilm gene transcriptional regulator, MqsR‑controlled |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,520,080 | 0 | G | T | 15.2% | 432.8 / 58.7 | 158 | intergenic (+16/‑182) | curA/mcbR | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent/colanic acid and biofilm gene transcriptional regulator, MqsR‑controlled |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/65); new base T (9/15); total (76/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTT > NC_000913/1519981‑1520179 | gagaATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGgcggcg < 1:3507386/100‑1 (MQ=255) aTGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGTCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAg < 1:1154300/100‑1 (MQ=255) cgcCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccg > 2:3629261/1‑100 (MQ=255) ccACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgcc < 1:1265424/100‑1 (MQ=255) ccACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgcc < 1:2763696/100‑1 (MQ=255) cacaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGTAAAGTGGTGATCCGCGTGTCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGTCa < 1:573404/100‑1 (MQ=255) cacaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAATTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGTCTTCCgccgcc < 1:2017978/99‑1 (MQ=255) acaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgn < 2:1561648/100‑3 (MQ=255) caGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgtt < 2:1314230/100‑4 (MQ=255) caGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgtt < 2:2180933/100‑4 (MQ=255) aGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttg < 2:3422809/100‑5 (MQ=255) aGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttg < 2:180763/100‑5 (MQ=255) aGACGTTTAGCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCGACGGCGGCTTACgccgccgttg < 1:2233262/100‑5 (MQ=255) gACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATaa < 1:1595021/99‑1 (MQ=255) gTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttgaaac < 2:1073673/100‑9 (MQ=255) tttATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATc < 1:826400/100‑1 (MQ=255) tttATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATc > 2:2398619/1‑100 (MQ=255) ttATCGGCGTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGGTCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATcc < 1:3711532/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATcc > 1:3017797/1‑100 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAg < 2:2337522/100‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAg > 2:1662990/1‑100 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATCAAAGTTGCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAg > 1:2707119/1‑100 (MQ=255) cGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAgg < 1:747080/99‑1 (MQ=255) cGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGc > 1:3803020/1‑100 (MQ=255) ggCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCa < 1:1840668/100‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCa > 2:1324273/1‑100 (MQ=255) ctgAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCATGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGc < 2:2707941/100‑1 (MQ=255) tgAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCCCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCt > 1:2318807/1‑100 (MQ=255) gggTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAtt > 2:1384474/1‑100 (MQ=255) ggTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAttt > 1:206075/1‑100 (MQ=255) ggTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAttt < 1:1384463/100‑1 (MQ=255) ggTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAttt > 2:3581778/1‑100 (MQ=255) gTAAATACTTCGGCAAAGTGGTGATCGGCGTGGCGGGTGATGCTTAGAGTTTTAATGGCGTCGTCAGCCACCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTacct > 1:617228/1‑96 (MQ=255) gTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAtttt > 1:1197349/1‑100 (MQ=255) gTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAtttt < 1:968834/100‑1 (MQ=255) aaaaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa < 2:3757254/100‑1 (MQ=255) aaaaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa < 2:2688189/100‑1 (MQ=255) ataaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTAGCAGGTGATGATTAAAGTTTAAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAAACAAAAAAAAAAGCTTATTTTc < 1:712924/96‑1 (MQ=255) aaaaCTTCGGAAAAGTGGTGATCCGCGTGGAGAATGATGAATAAAGTTTAAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAAAACAAAAAAAAAGCTTATTTTCAg < 1:1891978/100‑1 (MQ=255) aaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGc > 1:313346/1‑100 (MQ=255) aaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCt > 2:737191/1‑100 (MQ=255) cTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCttt > 2:760060/1‑100 (MQ=255) cTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCttt < 1:2857686/100‑1 (MQ=255) ggCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTttaatt < 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gtgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGAGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACca < 1:2638987/100‑1 (MQ=255) tgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCCAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcac > 2:619469/1‑100 (MQ=255) tgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcac > 1:1459338/1‑100 (MQ=255) gATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcaca > 2:2669465/1‑100 (MQ=255) aTCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcat > 1:3023925/1‑100 (MQ=255) aTCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcat > 2:2898856/1‑100 (MQ=255) tCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAGGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatc > 1:2114291/1‑100 (MQ=255) tGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGtt < 1:3005401/100‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGtt > 2:650093/1‑100 (MQ=255) ggCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTc < 2:1639735/100‑1 (MQ=255) ggCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTc > 1:3147733/1‑100 (MQ=255) ggCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTc > 1:3147499/1‑100 (MQ=255) gCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTct < 1:237194/100‑1 (MQ=255) gggTGATCATTAAAGCTTCAACGGCCGCGTAAGCCACCATAAAAATCCAGGCAGAAAGCTTGTTTTGAACTTTAATTATCTTACCAGAGCAGTGTTcg < 1:3605032/98‑2 (MQ=255) tgTGATGATTAAATTTTAAACGGCGGCGTAAGTCGCTATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTctgc < 1:245729/98‑1 (MQ=255) 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2:3366717/100‑1 (MQ=255) ttCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACaaa > 1:1406189/1‑100 (MQ=255) tttatggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAg > 2:1207510/6‑100 (MQ=255) tttatggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAg > 2:2015035/6‑100 (MQ=255) tatggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGt > 2:1855708/4‑100 (MQ=255) atggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTg > 2:425927/3‑100 (MQ=255) cggcggCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGa > 1:689497/1‑100 (MQ=255) ggcggcGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAg < 2:2014260/100‑1 (MQ=255) ggcgTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTgg < 2:82649/100‑1 (MQ=255) gcgTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGt < 1:1564068/100‑1 (MQ=255) cgTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGtt > 2:2774915/1‑100 (MQ=255) gTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGttt < 1:1606191/100‑1 (MQ=255) | GAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTT > NC_000913/1519981‑1520179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |