| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 756,929 | T→A | 28.5% | D341E (GAT→GAA) | sdhA → | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 756,929 | 0 | T | A | 28.5% | 176.7 / 92.4 | 116 | D341E (GAT→GAA) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/55); new base A (15/18); total (43/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCACACGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAATGA > NC_000913/756831‑757024 | ccACACGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATc > 2:780107/1‑100 (MQ=255) cacaCGCGAAACTGATACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATcc < 2:3496911/100‑1 (MQ=255) cacaCGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAAcc < 2:3078377/100‑1 (MQ=255) acacGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCg < 1:2036659/100‑1 (MQ=255) acGCGGAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGt < 1:1196930/100‑1 (MQ=255) acGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGt < 2:75170/100‑1 (MQ=255) cgcgAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTg > 2:1287048/1‑100 (MQ=255) cgcgAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTg < 2:3514459/100‑1 (MQ=255) cgAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCTGGTGaa > 2:369744/1‑100 (MQ=255) cgAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGaa < 1:1126580/100‑1 (MQ=255) aactgaacctCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCTGGTGAAag < 1:2620437/99‑1 (MQ=255) aactgaaactCGATCACCTGGGTAACGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGCATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCCGTGAAcga > 1:244641/1‑100 (MQ=255) ctgaaactCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGc > 1:1261996/1‑100 (MQ=255) tgaaactCGATCACCTGGGTGAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGcc < 1:276341/100‑1 (MQ=255) tgaaactCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGcc < 2:1678109/100‑1 (MQ=255) tgaaactCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGc < 1:2107667/99‑1 (MQ=255) gaaactCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCg < 2:1136059/100‑1 (MQ=255) gaaactCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCg > 1:3550228/1‑100 (MQ=255) aactCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGAt < 2:2311789/100‑1 (MQ=255) ctCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGATTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATTCGGTGAAAGAGCCGATTc > 1:2720801/1‑100 (MQ=255) ctCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGCGTATCCTGGAGCTTTCCCGTCCCTTCGCTCACGTCGATCAGGTGAAAGAGCCGATTc > 1:1356777/1‑100 (MQ=255) tCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTcc < 2:618457/100‑1 (MQ=255) gATCACCTGGGTGAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTGCGCTCACGTCGATCCGAAGAAAGAGCCGATTCCgg > 1:1080510/1‑100 (MQ=255) gATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCGTGGAGATTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGCGAAAGAGCCGATTCCgg > 1:2472195/1‑100 (MQ=255) gATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCTGGTGAAAGAGCCGATTCCgg < 1:780103/100‑1 (MQ=255) gATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCgg < 1:2726065/100‑1 (MQ=255) gATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCgg < 1:3466484/100‑1 (MQ=255) gATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCgg < 2:2342272/100‑1 (MQ=255) gATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTAGCCTGTAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCg > 1:2672898/1‑99 (MQ=255) aTCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGt < 2:2741851/100‑1 (MQ=255) aTCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGt < 1:2986067/100‑1 (MQ=255) cACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTa > 2:1302588/1‑100 (MQ=255) ccTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATc > 2:85376/1‑100 (MQ=255) ccTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATc > 2:549128/1‑100 (MQ=255) cTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATcc < 2:2255101/100‑1 (MQ=255) gggTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCa > 2:1261464/1‑100 (MQ=255) gTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAc < 2:3224765/100‑1 (MQ=255) gTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAc < 1:956319/100‑1 (MQ=255) tAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCTGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAcc < 1:960527/100‑1 (MQ=255) tAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAcc > 2:3190792/1‑100 (MQ=255) tAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAcc < 1:3403622/100‑1 (MQ=255) tAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAcc < 1:2722331/100‑1 (MQ=255) tAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAAcc < 2:160417/100‑1 (MQ=255) aagaagTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTg > 2:2792448/1‑100 (MQ=255) aagTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCa < 2:1760135/100‑1 (MQ=255) agTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCAc < 2:3531819/100‑1 (MQ=255) gTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATACGGTGCAAGAGCCAATTCCGGGTATCCCAACCTGTCAc > 2:1071653/1‑99 (MQ=255) gTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTCTCCCAACCTGTCACt > 2:3504682/1‑100 (MQ=255) gTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACt > 2:2287282/1‑100 (MQ=255) gTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACt > 2:1208517/1‑100 (MQ=255) gTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACt > 2:3447910/1‑100 (MQ=255) ttCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTAGCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTa < 1:2264856/100‑1 (MQ=255) tctcGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCCGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTAc > 1:2605528/1‑100 (MQ=255) tcGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACat < 2:2631594/100‑1 (MQ=255) gAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCGGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGAGTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACatg > 1:2129201/1‑99 (MQ=255) gAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACatga > 1:1816276/1‑100 (MQ=255) tCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATgg > 2:3346931/1‑100 (MQ=255) ccGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCTGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGc < 2:2355636/100‑1 (MQ=255) cGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCg < 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2:2796599/100‑1 (MQ=255) cTTCGCTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCactg < 2:2105764/100‑1 (MQ=255) tCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCactgac < 2:840676/100‑1 (MQ=255) cTCACGTCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACtgt > 2:2228846/1‑100 (MQ=255) tCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACtgtg < 2:1816285/100‑1 (MQ=255) cACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGa > 2:1229267/1‑100 (MQ=255) aCGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGaa < 1:2105533/100‑1 (MQ=255) aCGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGaa < 2:2623724/100‑1 (MQ=255) cGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAAt < 1:1776450/100‑1 (MQ=255) tCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAATga < 2:1117926/100‑1 (MQ=255) tCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAATga < 1:1583233/100‑1 (MQ=255) tCGAACCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAATga < 2:880765/100‑1 (MQ=255) | CCACACGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAATGA > NC_000913/756831‑757024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |