Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,790,303 | 0 | A | T | 24.9% | 338.8 / 126.4 | 181 | intergenic (‑222/+17) | waaH/tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/68); new base T (22/23); total (90/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAAC > NC_000913/3790206‑3790402 | gcagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAcc < 1:1181130/100‑1 (MQ=255) cagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCa < 1:356754/100‑1 (MQ=255) cagcTATATAAGAGATCAGAACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGTGCTGGAATACCa > 2:3622741/1‑100 (MQ=255) gcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGc > 2:1286813/1‑100 (MQ=255) gcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGc > 1:1937449/1‑100 (MQ=255) cTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGcc < 2:177722/100‑1 (MQ=255) cTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGcc < 2:1429489/100‑1 (MQ=255) tataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCtt < 2:604358/100‑1 (MQ=255) ataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttt < 1:2469218/100‑2 (MQ=255) taAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttt < 1:1288995/99‑2 (MQ=255) taAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGt > 1:1171732/1‑100 (MQ=255) aaGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTGCACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCtttta < 1:875988/100‑4 (MQ=255) agagATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttat < 1:102915/100‑5 (MQ=39) gagaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatc < 1:482460/100‑6 (MQ=39) gagaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatc < 2:808566/100‑6 (MQ=39) gagaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatc < 2:314749/100‑6 (MQ=39) gagaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCg < 1:2171728/100‑1 (MQ=255) gagaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTCGAATACCAGCCCTTGTTCg > 2:743998/1‑100 (MQ=255) agaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACTCTGAACGGATTTTACCTATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatc < 2:2619749/99‑6 (MQ=37) agaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatct < 1:519680/100‑7 (MQ=38) agaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCgt < 1:2688882/100‑1 (MQ=255) gaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatctg < 2:2559997/100‑8 (MQ=38) gaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatctg < 1:1028842/100‑8 (MQ=38) gaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGAGTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatctg < 2:797487/100‑8 (MQ=38) aTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGTATTCCAGCCCttttatctga < 2:2843049/100‑9 (MQ=38) tCAGCACAATTACGATCTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACAGATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGtt < 2:3346841/100‑1 (MQ=255) aGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTaa > 1:2124675/1‑100 (MQ=255) cacaATTACGAGCTCTTTATTACAATGACAGGATGTTACATATTTTACAGATCTTCCCCAGATAAAAGGGCTGCAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATc < 2:3813736/100‑1 (MQ=255) acaATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATcc < 1:1504391/100‑1 (MQ=255) caATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATccc > 1:3345556/1‑100 (MQ=255) caATTACGAACTCTTTATTACACCGACAGGATTGTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATccc < 2:1122771/100‑1 (MQ=255) ttACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGc < 2:1048379/100‑1 (MQ=255) tACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCt > 1:2450892/1‑100 (MQ=255) ctcgTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAAt < 1:744000/100‑1 (MQ=255) tctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTCAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATa > 2:1540402/1‑100 (MQ=255) ctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATaa < 2:710519/100‑1 (MQ=255) ctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATaa > 1:1669361/1‑100 (MQ=255) ctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATaa > 1:1873728/1‑100 (MQ=255) tttATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAAc < 1:3027235/100‑1 (MQ=255) taCACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTcc > 1:2652244/1‑100 (MQ=255) cTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGa > 1:1742768/1‑100 (MQ=255) gACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACt > 2:2817364/1‑100 (MQ=255) gACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACt > 1:2995665/1‑100 (MQ=255) cAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACt > 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tACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACg > 2:1324046/1‑100 (MQ=255) aCATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGc < 2:861116/100‑1 (MQ=255) tatTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCAt > 1:1701370/1‑99 (MQ=255) tttAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGc < 1:3674870/100‑1 (MQ=255) tAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGt < 2:917593/100‑1 (MQ=255) tAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGt < 1:1176395/100‑1 (MQ=255) cAGATTATCCTCAGATACAAGGGCTGGAATACCAGCACTTGTTCGTGTTAATCCGCGCCCAGAATAACTTTCCCGGTCTGGCCCGAACGCATAGCCTCaa > 2:3217330/1‑100 (MQ=255) cAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCaa > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |