| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656:1 | (T)7→8 | 100% | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 96.2% | 350.0 / 6.5 | 104 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/4); new base T (48/52); total (48/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 | tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt < 1:650958/100‑1 (MQ=255) tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTAATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt > 2:1457701/1‑100 (MQ=255) tGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttt > 2:984078/1‑100 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttt < 2:38409/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttt < 1:2243230/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttt > 2:618467/1‑99 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAACAATAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttc < 2:1571216/100‑3 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttt < 1:2037780/98‑1 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATACAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttc < 2:739041/100‑3 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTAGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcg < 2:397077/100‑4 (MQ=255) catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcgt < 1:1674296/100‑5 (MQ=255) catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcgt < 1:1659060/100‑5 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAATTATAATTTTCCTTCCAGTTTTGGTTTTTTTAGTAAAATGGAGAAACAAGAACACTATGTTTTTGATT‑tgttttttt > 2:1183019/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAATTATAATTTTACTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcttt > 2:137039/1‑95 (MQ=255) atTCTATAAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcgtt < 2:314690/100‑6 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTg < 1:1636942/100‑1 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTg < 1:414161/100‑1 (MQ=255) ttCTATCAAAAGCAAATAGTTATAATTTTTCTTCCGTTTTTTGTGTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcg < 2:1259252/97‑4 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGc > 2:892722/1‑100 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcttttc > 1:2013578/1‑93 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCt < 1:1075931/100‑1 (MQ=255) 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1:291792/100‑1 (MQ=255) aTAGTAATATTTTTCCTTCCATTTTTGATGGATTCATTAACATGCAACAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1987360/100‑1 (MQ=255) tAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1160702/99‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGAGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc > 1:1456648/1‑100 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 1:761610/1‑100 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 2:1174302/100‑1 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCACAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaa < 1:1303995/100‑1 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTACTAATAATATCTACTGCTaa > 1:161758/1‑100 (MQ=255) taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 1:242814/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTTCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:177634/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa > 2:209821/1‑98 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:690386/100‑1 (MQ=255) tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:1730337/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTTGTTTTTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:789685/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:506458/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:944388/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt < 1:1182282/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:1910460/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:900343/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:1885315/100‑1 (MQ=255) cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat > 1:2271577/1‑100 (MQ=255) tttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:194722/100‑1 (MQ=255) gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATCTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCa > 1:192734/1‑100 (MQ=255) 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tGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:892733/100‑1 (MQ=255) ttttGCTATTTTTTTTCTTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:1153550/100‑1 (MQ=255) tttGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTATTCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGaca < 2:2013556/100‑1 (MQ=255) tGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 1:984089/100‑1 (MQ=255) | AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |