| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 93.6% | 571.6 / 32.7 | 186 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/9); new base A (73/100); total (76/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGG‑A‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 | cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑Cgg > 1:1648333/1‑100 (MQ=255) ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGG‑a > 2:1528523/1‑100 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGG‑a > 2:1844983/1‑99 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑Agg > 2:1983087/1‑98 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGG‑a‑a‑a > 1:303144/1‑100 (MQ=255) aTTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGG‑a‑a‑aa > 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tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGGAA‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta < 1:874532/100‑1 (MQ=255) tAACGGAAATTATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGGAA‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg < 2:527413/100‑1 (MQ=255) aaCGGAAAACATACAGTGAGGTTAATCCTAAAATATATTTTTAATTGTTAAAAAAAAA‑AAA‑A‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta < 2:905284/97‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGGAA‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt < 1:800556/100‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGATAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGGAA‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAgat > 2:1459525/1‑97 (MQ=255) cGGAAAACATACCGTGAAGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATTGTTATTTATT‑TAAAA‑A‑A‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 2:314835/98‑1 (MQ=255) gAAATCATACTGTGAAGTTAATCCTAAAATAGAATTTTAATCGTTGTTTATT‑T‑CGG‑A‑A‑AATACACAGATTAATTGCTTTTGATTTTTTTTTTAGtttct > 2:2069257/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |