| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306:1 | (T)7→8 | 100% | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 96.1% | 165.3 / 0.2 | 51 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base T (27/22); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
CTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAA > NC_000913/1712205‑1712386 | ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑ttttt > 1:1967796/1‑100 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTTACGTCAATGATGCCATTTGTTATCTTTATCATCAGGTAATCCGTTTAAAGAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑tttttttt < 2:1561539/100‑2 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCAAATAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑tttttttt < 2:551963/100‑2 (MQ=255) ttttAAAACATCGTTTTAGCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑tttttttt < 2:1287066/100‑2 (MQ=255) ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATACGTTTTCGGATAATCAAAAATGCAGGTTAAGTG‑‑TTTTTTTAAt < 2:1104719/100‑1 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑ttttttttaat < 1:2063402/100‑5 (MQ=255) 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> 2:2341784/1‑100 (MQ=255) tttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGaaa > 2:2103412/1‑98 (MQ=255) ttttAACGTCAATTATGCCATTTCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGGGAAAttt < 2:906736/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1594000/100‑1 (MQ=255) tAACGTTAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1057829/100‑1 (MQ=255) aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTa > 2:855235/1‑100 (MQ=255) aCGTCCATGATACGATTGCTTAGCGTTATCATCAGTTAATGCGTTTAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 2:960893/98‑1 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:2243842/1‑100 (MQ=255) 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2:2376897/1‑99 (MQ=255) cGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt > 1:432480/1‑100 (MQ=255) gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt < 1:2295656/99‑1 (MQ=255) gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATg > 2:1776146/1‑100 (MQ=255) ttATAATCATGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTTT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatg < 1:542415/100‑4 (MQ=255) atcatcAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt < 2:2143820/100‑1 (MQ=255) catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt > 1:221066/1‑99 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 1:2020770/1‑99 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:2287176/1‑100 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 2:1545022/100‑1 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc < 1:1217909/100‑1 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 2:319210/100‑1 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 2:1672199/99‑1 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 2:1779512/100‑1 (MQ=255) cGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa > 2:162488/1‑100 (MQ=255) tttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa 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> 1:1448264/1‑100 (MQ=255) | CTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAA > NC_000913/1712205‑1712386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |