| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,218,198 | C→T | 50.6% | Q293Q (CAG→CAA) | aer ← | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,218,198 | 0 | C | T | 50.6% | ‑0.8 / 112.3 | 77 | Q293Q (CAG→CAA) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/19); new base T (16/23); total (35/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
CGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAG > NC_000913/3218099‑3218297 | cGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGc > 1:2185048/1‑100 (MQ=255) gCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCt > 1:222029/1‑100 (MQ=255) cATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTg < 1:717256/100‑1 (MQ=255) ttACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGaa < 2:2155065/100‑1 (MQ=255) tACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAAc < 1:761097/100‑1 (MQ=255) tACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAAc < 1:1789219/100‑1 (MQ=255) aCTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACg < 2:708448/100‑1 (MQ=255) ggCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTa > 2:2179443/1‑100 (MQ=255) cAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATc < 1:888816/100‑1 (MQ=255) aGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCa < 2:901467/100‑1 (MQ=255) aGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCa < 1:563257/100‑1 (MQ=255) gTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCaa > 1:1396646/1‑100 (MQ=255) tGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTc > 1:262311/1‑100 (MQ=255) cAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTctgc > 2:1730939/1‑100 (MQ=255) gTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTctgctg > 1:1051220/1‑100 (MQ=255) tttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTgg < 1:843832/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTggg < 2:1480492/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTgg > 2:1817854/1‑99 (MQ=255) aTCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTa < 1:1174522/100‑1 (MQ=255) tCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 1:1794959/1‑100 (MQ=255) tCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 2:962539/1‑100 (MQ=255) tCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 1:1285825/1‑100 (MQ=255) cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 1:169166/1‑99 (MQ=255) cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg < 2:412564/100‑1 (MQ=255) gCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgtt < 1:909039/100‑1 (MQ=255) gCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgtt < 2:279366/100‑1 (MQ=255) cAGCCGACGCCGTGACATAGTACAGTTATACCGACGCCGCCTTTTGGTTCATTGTCCATACCGTTTGTTTAATGTTATAACGTGTCGACTGGGTATg > 2:802313/1‑97 (MQ=255) aGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGATTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACAGTCTGCTGGGTATgttc > 2:1141628/1‑99 (MQ=255) cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 2:2329848/100‑1 (MQ=255) cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 1:1903598/100‑1 (MQ=255) aCGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcag < 2:2357744/100‑1 (MQ=255) cGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagt < 1:843216/100‑1 (MQ=255) gCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagtt < 2:1500244/100‑1 (MQ=255) gTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCAt > 2:996655/1‑100 (MQ=255) ggCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATc > 1:353740/1‑99 (MQ=255) gCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGTCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCgg < 2:965786/100‑1 (MQ=255) gCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCgg > 2:1181110/1‑100 (MQ=255) agagTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTg < 1:1152475/100‑1 (MQ=255) gagTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGc < 1:13507/100‑1 (MQ=255) gTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCt < 1:1466990/100‑1 (MQ=255) gTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCt > 1:1980692/1‑100 (MQ=255) gTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCCCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTccc > 2:1279453/1‑99 (MQ=255) cTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTc > 2:735219/1‑100 (MQ=255) gTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGc > 1:334495/1‑100 (MQ=255) ttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCa > 2:2220748/1‑100 (MQ=255) tCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAg < 2:170742/100‑1 (MQ=255) aCCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCg > 2:51932/1‑100 (MQ=255) ccGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTTGTTCAGTTCATCGGTGACTTTCACCAGCGt > 2:1412829/1‑100 (MQ=255) ccGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGt > 2:560536/1‑100 (MQ=255) gACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtct < 2:1384326/100‑1 (MQ=255) gACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtct > 1:1460502/1‑100 (MQ=255) ccgccATTTGGTCCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACt > 2:1357706/1‑100 (MQ=255) cgccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTg < 1:1243782/100‑1 (MQ=255) gccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGc < 1:747959/100‑1 (MQ=255) tGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTc < 1:1194886/100‑1 (MQ=255) gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg < 2:2207628/100‑1 (MQ=255) gTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg > 2:1517845/1‑100 (MQ=255) ttCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGa < 2:353737/100‑1 (MQ=255) ttCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGa < 2:711443/100‑1 (MQ=255) tCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGac > 2:1933599/1‑100 (MQ=255) tCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGac > 1:493569/1‑100 (MQ=255) ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg < 1:2322852/100‑1 (MQ=255) ggTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 1:122265/1‑100 (MQ=255) ggTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGATGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 1:70518/1‑100 (MQ=255) cGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac < 1:1254551/100‑1 (MQ=255) cGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac > 1:2221519/1‑100 (MQ=255) cGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac < 2:1777983/100‑1 (MQ=255) cGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac < 2:493061/100‑1 (MQ=255) cGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac > 2:1886233/1‑100 (MQ=255) cACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACAcc < 2:2185022/100‑1 (MQ=255) ccGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTg < 2:1285880/100‑1 (MQ=255) cGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTgg < 1:2111857/100‑1 (MQ=255) gTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTGTGTTCGCTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGc < 2:1685339/100‑1 (MQ=255) gTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGc > 2:1175339/1‑100 (MQ=255) ttGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCtt < 2:161934/100‑1 (MQ=255) tGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTg < 1:2062623/100‑1 (MQ=255) tGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTg < 2:2027035/100‑1 (MQ=255) gCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTga > 1:742440/1‑100 (MQ=255) cTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCCTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTgag < 2:1469703/100‑1 (MQ=255) | CGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAG > NC_000913/3218099‑3218297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |