| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,648,042 | T→C | 100% | intergenic (‑254/‑486) | dinQ ← / → arsR | UV‑inducible membrane toxin, DinQ‑AgrB type I toxin‑antitoxin system/arsenical resistance operon transcriptional repressor; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,648,042 | 0 | T | C | 96.4% | 443.9 / 2.3 | 135 | intergenic (‑254/‑486) | dinQ/arsR | UV‑inducible membrane toxin, DinQ‑AgrB type I toxin‑antitoxin system/arsenical resistance operon transcriptional repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base C (76/54); total (78/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGT > NC_000913/3647945‑3648138 | tATGCTCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAAGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCAt > 2:1492095/1‑100 (MQ=255) aTGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATg > 2:1321634/1‑100 (MQ=255) aTGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATg > 1:1141491/1‑100 (MQ=255) tGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATgg < 1:743613/100‑1 (MQ=255) cgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTa > 1:1652960/1‑100 (MQ=255) cgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTa > 1:576442/1‑100 (MQ=255) tGCTAGAGTGAAAATGCCTCAGATCTAACTTGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTTCAATAGTTTCAGCATGGTATTAg < 2:2054136/99‑1 (MQ=255) gCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCa > 2:1036563/1‑100 (MQ=255) gCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCa > 2:2179297/1‑100 (MQ=255) ccAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCAt > 1:892308/1‑100 (MQ=255) ccAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCAt > 1:229892/1‑100 (MQ=255) agTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGAt < 1:414509/100‑1 (MQ=255) ggtaaaaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATg > 1:1501464/4‑100 (MQ=255) gTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACAAGCACGTCCTTAAAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGAt > 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cTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgatga < 1:2354418/100‑1 (MQ=255) agagCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATgg < 1:394473/100‑1 (MQ=255) agagCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATgg < 2:1628665/100‑1 (MQ=255) agagCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATgg < 2:276718/100‑1 (MQ=255) aaCTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtct > 2:1181845/1‑100 (MQ=255) aaCTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtct < 1:1437554/100‑1 (MQ=255) aCTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtctc < 1:111375/100‑1 (MQ=255) aCTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtctc > 1:104338/1‑100 (MQ=255) tGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCAc < 2:927518/100‑1 (MQ=255) ggATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGTGCGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACt > 2:1276068/1‑100 (MQ=255) ggATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACt > 2:894545/1‑100 (MQ=255) aTAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCCTGGTATTAGCCTTGATGCGTTAGATGATTGCTATCTCACTcc < 1:1616292/100‑1 (MQ=255) tAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTca > 2:1713301/1‑98 (MQ=255) aTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAg > 1:919599/1‑99 (MQ=255) cATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCa < 1:1701682/100‑1 (MQ=255) cATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCa > 1:625578/1‑100 (MQ=255) aTACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCag > 2:195003/1‑100 (MQ=255) cAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGc < 2:1263686/100‑1 (MQ=255) aGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGcc < 1:595411/100‑1 (MQ=255) aGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGc > 1:972796/1‑99 (MQ=255) aCATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGccacc < 1:316470/100‑1 (MQ=255) aCATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGccacc < 1:2066849/100‑1 (MQ=255) aCATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTACAGTCAGAGccacc > 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tttCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTc > 1:435210/1‑100 (MQ=255) ttCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAAACGACGCAAAGt > 1:2160319/1‑98 (MQ=255) cAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGt > 2:2190552/1‑100 (MQ=255) cAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGt > 2:336254/1‑100 (MQ=255) | TATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGT > NC_000913/3647945‑3648138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |