| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,560,045 | C→A | 51.0% | W212C (TGG→TGT) | yjiH ← | nucleoside recognition pore and gate family putative inner membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,560,045 | 0 | C | A | 51.0% | ‑5.5 / 148.9 | 99 | W212C (TGG→TGT) | yjiH | nucleoside recognition pore and gate family putative inner membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/22); new base A (25/25); total (51/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCGCGCGCCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGCCG > NC_000913/4559947‑4560144 | gcgcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGcc < 2:2205186/100‑1 (MQ=255)gcgcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGcc < 1:771486/100‑1 (MQ=255)gcgcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGcc < 1:1361625/100‑1 (MQ=255) cgcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACa < 1:2218120/100‑1 (MQ=255) gcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCa < 1:415310/99‑1 (MQ=255) ccATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCTTACTTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACATAcgcg > 2:381741/1‑100 (MQ=255) ccATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGAcgcg < 2:1168543/100‑1 (MQ=255) tCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCaa > 1:1360962/1‑100 (MQ=255) cGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCaaa > 1:328049/1‑100 (MQ=255) gATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCaaaa > 1:1186709/1‑100 (MQ=255) aaaCATATCCATTACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGt < 1:1181302/100‑1 (MQ=255) aaaCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGt < 1:533611/100‑1 (MQ=255) aaCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGtt > 1:155883/1‑100 (MQ=255) aaCATATCCATGACGTATTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTTGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAACATGtt > 2:1098675/1‑100 (MQ=255) aCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTg < 1:2341758/100‑1 (MQ=255) aCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTg < 2:346263/100‑1 (MQ=255) cATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTgg > 2:1710079/1‑100 (MQ=255) cATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTgg > 2:456118/1‑100 (MQ=255) tatCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGTTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGATACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGttt < 2:1393472/97‑2 (MQ=255) tatCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCt < 2:124520/100‑1 (MQ=255) tCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTc < 1:845256/99‑1 (MQ=255) tCCATGACGTTTTTGCAGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGAGGTTCTTCGAAGTTACGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTc > 2:2087004/1‑99 (MQ=255) ccATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCg > 2:1198647/1‑100 (MQ=255) ccATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCg < 2:1552042/100‑1 (MQ=255) cATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGa < 2:304650/100‑1 (MQ=255) aTGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGAc > 1:1966927/1‑100 (MQ=255) ttttGCCGATCTGGGTTGTCATGCTTGCGTTGCTTGCGGGGGGGTGCGTCGTTCTTCGAAGTTATGTCAGGAGCGGATATTGTTGGCTCCGACATAttt < 2:2180657/99‑1 (MQ=255) tGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGCCGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCgccca > 2:1380066/1‑88 (MQ=255) cgtaCCTGAGTTGTCATGCTTGAGCTCCTTGAGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAaca > 2:2066842/4‑99 (MQ=255) cGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTACTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAacac > 2:703049/1‑100 (MQ=255) tGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGa > 2:1594732/1‑99 (MQ=255) tGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGAt > 2:1106916/1‑100 (MQ=255) tGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGAt > 2:1160468/1‑100 (MQ=255) gTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGAc > 1:1303412/1‑100 (MQ=255) gTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGATCCGACAAATTTAAACACCAGGATGAc > 1:156831/1‑100 (MQ=255) tGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACgg > 1:2389955/1‑100 (MQ=255) tGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACgg < 1:484760/100‑1 (MQ=255) tGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACgg > 1:1488318/1‑100 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTTCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc < 2:1425811/100‑1 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACgg > 2:1493540/1‑99 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc < 2:1530200/100‑1 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc > 1:2344921/1‑100 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc < 2:1168050/100‑1 (MQ=255) cATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACAGCAGGATGACGGCTa > 2:631337/1‑100 (MQ=255) cATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTa > 1:1593701/1‑100 (MQ=255) cATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTa > 2:823813/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGACGTTAAGCCAGACGCGCCAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTaaa > 2:2134594/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTaaa < 2:1966905/100‑1 (MQ=255) tGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTaaa > 2:1967501/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTaaa > 2:2357877/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTaaa > 1:2374562/1‑100 (MQ=255) gCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAg < 1:234908/100‑1 (MQ=255) cTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAgg < 1:498926/100‑1 (MQ=255) ttGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGt < 2:304921/100‑1 (MQ=255) tGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTa > 2:869694/1‑100 (MQ=255) tGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTa < 1:9630/100‑1 (MQ=255) gcgcTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTAc < 2:1992921/100‑1 (MQ=255) gcgcTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTAc > 1:442453/1‑100 (MQ=255) cgcTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGATAAAGGTACg < 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ttGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACg < 1:863685/100‑1 (MQ=255) ttGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACg < 2:1057307/100‑1 (MQ=255) ttGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACg < 2:1298719/100‑1 (MQ=255) gCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGa > 1:1563901/1‑100 (MQ=255) gCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACgg < 1:1160479/99‑1 (MQ=255) gTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACg > 1:609195/1‑100 (MQ=255) gTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACg < 1:958036/100‑1 (MQ=255) gTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACg < 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2:1855227/1‑100 (MQ=255) tcGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAaca > 1:158518/1‑100 (MQ=255) gAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACAcc > 2:1093671/1‑100 (MQ=255) aaGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcg > 2:748420/1‑100 (MQ=255) aGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgc < 2:1881671/100‑1 (MQ=255) gTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgcg < 2:1051999/100‑1 (MQ=255) gTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgcg < 1:1766632/100‑1 (MQ=255) ttAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGa > 2:920722/1‑100 (MQ=255) tAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGa > 2:1715954/1‑99 (MQ=255) aaGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACg > 2:1553211/1‑100 (MQ=255) aaGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAACGCAAACACCGCGACg > 1:575322/1‑100 (MQ=255) ccAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGCCg > 2:2330407/1‑100 (MQ=255) | GCGCGCGCCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGCCG > NC_000913/4559947‑4560144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |