| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 661,369 | T→C | 24.6% | N4D (AAT→GAT) | ybeF ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 661,369 | 0 | T | C | 24.6% | 163.9 / 55.6 | 97 | N4D (AAT→GAT) | ybeF | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/35); new base C (12/12); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCACC > NC_000913/661272‑661468 | aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTAc < 1:1808856/100‑1 (MQ=255)aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCAc < 1:677044/100‑1 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTAt < 2:677875/100‑1 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTAt > 1:1599148/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTAt > 1:1538171/1‑100 (MQ=255) aGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTACGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCa < 2:1555118/100‑1 (MQ=255) aGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCa > 1:1188026/1‑100 (MQ=255) aGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCa > 1:1663310/1‑100 (MQ=255) aGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGc < 2:1027775/100‑1 (MQ=255) aGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGc < 2:1298766/100‑1 (MQ=255) ngTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGGCGACTTTCTGCTTAAGCAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGc > 1:1119692/2‑99 (MQ=255) ggTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCa > 1:1446747/1‑100 (MQ=255) gTTAAGATCCATATTACGTAAGGTTGTAAATAACTGTGAATAACCTTCTGACTACTTTCTGCTTAAATAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCAc > 2:828915/1‑100 (MQ=255) gTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCAc < 1:35423/100‑1 (MQ=255) tAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACtt > 1:1417152/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACt > 1:372984/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACt > 1:341221/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 2:2136942/1‑100 (MQ=255) aaTATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCaa > 1:2331776/1‑100 (MQ=255) atTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAAttt < 1:95966/100‑1 (MQ=255) cGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAtt > 1:1740863/1‑100 (MQ=255) gTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTc < 1:1242536/100‑1 (MQ=255) gTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTc < 1:1731802/100‑1 (MQ=255) tAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCa > 2:2360000/1‑100 (MQ=255) tAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCa < 1:1705404/100‑1 (MQ=255) aGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATg < 1:2345435/100‑1 (MQ=255) ggTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACATGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATgg < 2:515464/100‑1 (MQ=255) gTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGa > 1:245288/1‑100 (MQ=255) tGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaa > 1:1308968/1‑100 (MQ=255) tGTAAATATTTGCGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaa > 1:75141/1‑100 (MQ=255) gTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaaa > 1:397531/1‑100 (MQ=255) gTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaaa > 2:6686/1‑100 (MQ=255) tAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaaaa < 1:2202198/100‑1 (MQ=255) aaaTATTTGTTGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaat < 1:1677671/100‑1 (MQ=255) aaaTATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaat < 2:2207253/100‑1 (MQ=255) atatTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaataa > 1:189730/1‑100 (MQ=255) atatTTGTAGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACATGATTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaata < 2:1701845/99‑1 (MQ=255) atTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAataata < 1:6686/100‑1 (MQ=255) atTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAataata < 1:1422517/100‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAatat > 2:1746707/1‑100 (MQ=255) tgtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATAttt < 2:1058162/100‑1 (MQ=255) tgtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATAttt < 2:145229/100‑1 (MQ=255) tgtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATAttt > 2:580055/1‑100 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt > 1:822910/1‑100 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt < 2:161307/100‑1 (MQ=255) aCCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAtt > 2:315587/1‑100 (MQ=255) ccTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTa > 1:1094483/1‑100 (MQ=255) cTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTAATATCCACGTACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTa < 2:1734256/99‑1 (MQ=255) cTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTAc < 1:720655/100‑1 (MQ=255) ttttGACGACTTTCTGCTTAAACAGGTTTCAATTTGATTATTACTATCTACGCACTTACTCCCCTTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTAc < 2:805985/96‑1 (MQ=255) ttatGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTAc < 2:1314579/96‑1 (MQ=255) 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2:867219/100‑1 (MQ=255) attattACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc < 1:485734/100‑1 (MQ=255) ttattaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCt < 2:341218/100‑1 (MQ=255) ttatcaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCtttt > 2:1880824/1‑97 (MQ=255) ttatcaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCt > 1:423597/1‑100 (MQ=255) tattaCTATTCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTc < 2:1063739/100‑1 (MQ=255) attaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCa < 1:1436067/100‑1 (MQ=255) attaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCa < 1:1633458/100‑1 (MQ=255) ttattaACCACGCAAATACTTCAATTTTATTCATGGAAAAATAAAAATAAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAc < 1:765866/100‑1 (MQ=255) ttaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAc > 2:1496314/1‑100 (MQ=255) taCTATCCACTCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAcc < 2:1090435/100‑1 (MQ=255) taCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAcc < 2:232883/100‑1 (MQ=255) | ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCACC > NC_000913/661272‑661468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |