| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 755,789 | G→A | 49.2% | W77* (TGG→TAG) | sdhD → | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 755,789 | 0 | G | A | 49.2% | 10.4 / 135.7 | 104 | W77* (TGG→TAG) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/24); new base A (26/25); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCG > NC_000913/755692‑755887 | tatGAAGTCTTGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGc < 1:896460/100‑1 (MQ=255)tatGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGc > 2:537762/1‑100 (MQ=255)tatGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGc > 1:2087707/1‑100 (MQ=255)tatGAAGTCTGGAACGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGc > 2:1482068/1‑100 (MQ=255) atGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCa > 1:999092/1‑100 (MQ=255) tGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAg < 2:314648/100‑1 (MQ=255) aaGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGgt < 1:237158/100‑1 (MQ=255) aaGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGgt < 1:1847249/100‑1 (MQ=255) tCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGtt < 1:1959344/100‑1 (MQ=255) ccggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCACgtgt < 2:1715569/96‑1 (MQ=255) ggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGAc > 2:2079305/1‑100 (MQ=255) tCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGa > 2:1070966/1‑100 (MQ=255) cGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGAc < 1:2365564/100‑1 (MQ=255) ggTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACt < 2:369119/100‑1 (MQ=255) gTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTa > 1:62918/1‑100 (MQ=255) gTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTa < 1:895310/100‑1 (MQ=255) gTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTATTAACctacta > 1:1553070/1‑100 (MQ=255) gTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTa > 1:1473550/1‑100 (MQ=255) gTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTa < 1:2001739/100‑1 (MQ=255) ttcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACg > 1:1414407/1‑100 (MQ=255) tcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGt < 1:2058012/100‑1 (MQ=255) tcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTCTTCACCCTGCTGTCGCTGTTTTCTATCTTCATCCATCCCTGTATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGt < 2:1997407/100‑1 (MQ=255) cttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACgct < 1:1614186/100‑3 (MQ=255) cttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACgct < 1:1613284/100‑3 (MQ=255) ttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTa < 1:53591/100‑1 (MQ=255) ttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCGGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTa < 1:283846/100‑1 (MQ=255) tcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTaa > 2:383651/1‑100 (MQ=255) tcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTaa > 1:1513731/1‑100 (MQ=255) ccTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAcc < 2:1247719/100‑1 (MQ=255) ctctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCg > 1:484093/1‑100 (MQ=255) tctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGc < 1:2050904/100‑1 (MQ=255) ctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCt < 1:92452/100‑1 (MQ=255) cGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGc > 1:1215890/1‑100 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg > 2:1548701/1‑100 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg < 1:790789/100‑1 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 1:2367963/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCGCCCTGCTGGCGCTGTTTGCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCTACTACGTTAAACCGCGGGCTTTgcg < 2:1947268/100‑1 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 1:1593673/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg < 1:359860/100‑1 (MQ=255) cAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGGTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGGTGACCGACTACGTTAAAACACTGGCTTTgc > 2:2102000/1‑98 (MQ=255) aaaGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGcc < 2:1059574/100‑1 (MQ=255) aaaGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGcc < 1:150442/100‑1 (MQ=255) aGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTg < 2:1246224/100‑1 (MQ=255) aGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTg < 2:178408/100‑1 (MQ=255) tgtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAt < 1:1176528/100‑1 (MQ=255) tgtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAt < 1:1335486/100‑1 (MQ=255) tgtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAt < 2:2045253/100‑1 (MQ=255) gtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtg > 1:2000568/1‑100 (MQ=255) ttCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgc < 1:950380/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGTATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgct < 1:1781681/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgct > 1:298635/1‑100 (MQ=255) tCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgct > 2:1811230/1‑100 (MQ=255) cACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctg > 2:2377807/1‑100 (MQ=255) aCCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctgc > 1:1164868/1‑100 (MQ=255) aCCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctgc < 2:835547/100‑1 (MQ=255) cccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa > 2:674189/1‑100 (MQ=255) cccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa > 2:508875/1‑100 (MQ=255) ccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCCTACCTAGATCGTCCGGTTGCAGGTGTTGACCGATTACGTTAAAGCTCTGGTTTTGCGCATGAtgttgt < 2:950700/98‑2 (MQ=255) ggCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTg < 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tCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTa > 2:1758626/1‑100 (MQ=255) ggCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:250484/1‑100 (MQ=255) gCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:1180516/1‑99 (MQ=255) ggCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCg > 1:1406528/1‑99 (MQ=255) | TATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCG > NC_000913/755692‑755887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |