| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 851,094 | G→A | 21.4% | P502S (CCG→TCG) | opgE ← | OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 851,094 | 0 | G | A | 21.4% | 103.4 / 20.0 | 55 | P502S (CCG→TCG) | opgE | OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/20); new base A (5/7); total (28/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTG > NC_000913/850997‑851192 | ggggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGAcc > 1:2074803/1‑100 (MQ=255) gggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGccc < 1:25725/100‑1 (MQ=255) gggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGAccc < 1:1104734/100‑1 (MQ=255) ggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCg > 1:2352867/1‑100 (MQ=255) ggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCg > 1:683217/1‑100 (MQ=255) cGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGc < 1:1285441/100‑1 (MQ=255) aTTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACATTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCttt > 2:674607/1‑100 (MQ=255) tttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCa < 1:1342319/100‑1 (MQ=255) ttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAg > 1:600209/1‑100 (MQ=255) ttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAg < 1:1680919/100‑1 (MQ=255) tttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAATTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAgc > 2:1889531/1‑99 (MQ=255) tttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCCCAGa > 2:417237/1‑100 (MQ=255) aGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGAtata > 2:586987/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATaaa > 2:1565210/1‑100 (MQ=255) cGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACggg > 1:914563/1‑100 (MQ=255) cGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGAGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACggg < 2:1429105/100‑1 (MQ=255) ggTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTa < 1:2253928/100‑1 (MQ=255) ggTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTa < 1:686502/100‑1 (MQ=255) gTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAt > 1:127514/1‑100 (MQ=255) gTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAt > 2:1629777/1‑100 (MQ=255) aaaaTATCGGTTCCGAGATGGTTGTAAGCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGa < 1:991869/100‑1 (MQ=255) tatCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGTAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGtt < 2:194398/100‑1 (MQ=255) tatCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTAAGATATAAAAGGGTATTTGATGtt > 2:585536/1‑100 (MQ=255) tCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCATATATAAACGGGTATTTGATggt < 2:744984/98‑3 (MQ=255) gTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAAttt > 1:1801453/1‑100 (MQ=255) ttCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTc < 1:258333/100‑1 (MQ=255) gagaTGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTc < 1:949606/100‑1 (MQ=255) agaTGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCg < 2:1320513/100‑1 (MQ=255) gaTGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCg < 1:363848/99‑1 (MQ=255) tGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCtt < 1:1973279/100‑1 (MQ=255) tGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCtt > 2:1726149/1‑100 (MQ=255) ggTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCttt > 1:1157662/1‑100 (MQ=255) ttGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTaa > 2:295753/1‑100 (MQ=255) tGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTTAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAAt > 2:528190/1‑100 (MQ=255) aTCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATcc < 2:2066404/98‑1 (MQ=255) tCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTTATGTATATCGGTCCGGCGTTCTTCTCAGATATAAACGTGTATTTGATTTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCg < 2:804630/100‑1 (MQ=255) tCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCg < 2:362985/100‑1 (MQ=255) ccACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGGTGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGt > 1:435312/1‑100 (MQ=255) cACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTc > 1:1665411/1‑100 (MQ=255) aCCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGt > 1:1820921/1‑98 (MQ=255) cttcttTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTcc < 1:109181/98‑1 (MQ=255) ttCTTTGACTGGAAGTTGGGGATGTAGATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTGGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACt < 1:879856/100‑1 (MQ=255) tCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTg < 2:1300/100‑1 (MQ=255) gTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTggg > 1:1784255/1‑99 (MQ=255) tAACTGGAAGTTGGTGATGTCTATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGgag > 2:1458467/1‑100 (MQ=255) tAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGgag < 2:325763/100‑1 (MQ=255) aCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaa > 2:400162/1‑100 (MQ=255) aaGTTGGTGATGTTTAGCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGTTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGc < 2:2197096/100‑1 (MQ=255) aGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGcc > 1:1357503/1‑100 (MQ=255) gATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTaagaag < 1:1087043/100‑1 (MQ=255) tGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTc > 1:333143/1‑100 (MQ=255) tatCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTg > 2:181011/1‑100 (MQ=255) tatCGACCCTGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTg < 2:741579/100‑1 (MQ=255) atCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAAAAAAAGCCTAAGAAGTCAtt < 2:1073648/98‑1 (MQ=255) tCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGc > 2:329445/1‑100 (MQ=255) ggCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTg > 1:720480/1‑100 (MQ=255) | GGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTG > NC_000913/850997‑851192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |