| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,407,859 | A→G | 24.6% | intergenic (‑64/‑191) | ydaM ← / → ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,407,859 | 0 | A | G | 24.6% | 120.1 / 43.1 | 77 | intergenic (‑64/‑191) | ydaM/ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/31); new base G (9/10); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
AGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTA > NC_000913/1407761‑1407958 | aGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGAt > 2:957270/1‑100 (MQ=255) tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCa < 2:1956254/100‑1 (MQ=255) gatctCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCa < 2:108061/96‑1 (MQ=255) aGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATTTATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAg > 1:239018/1‑99 (MQ=255) aGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGa > 2:44490/1‑100 (MQ=255) gTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGAt < 2:1610868/100‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAac < 2:413650/100‑1 (MQ=255) ttGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAac < 1:2382108/100‑1 (MQ=255) ttGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAac < 2:808440/100‑1 (MQ=255) gagaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAacac > 2:1239834/1‑100 (MQ=255) gaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACtt > 1:1859086/1‑100 (MQ=255) gaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACtt > 2:1808772/1‑100 (MQ=255) gaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACtt > 2:251743/1‑100 (MQ=255) aTCACGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGTTATCCGATCACAAAAAAGTCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAaca < 2:1653668/96‑1 (MQ=255) tCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATACGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTca < 2:1552651/100‑1 (MQ=255) cccGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcac < 1:2093109/100‑1 (MQ=255) ttttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTg < 1:273529/100‑1 (MQ=255) ttttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTg > 2:2073525/1‑100 (MQ=255) ttttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATAGGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTg < 1:1973144/100‑1 (MQ=255) tATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtat < 2:1006375/100‑1 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata > 2:753557/1‑100 (MQ=255) tCAATTTTTGTTGCTATCCAATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtn < 2:1429479/97‑2 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGCCGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATAc > 1:1394702/1‑99 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACg > 1:344827/1‑100 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAACCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACg > 2:2022981/1‑100 (MQ=255) aaTTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACgg > 2:1224367/1‑100 (MQ=255) ttttGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGaaa < 1:251746/100‑1 (MQ=255) tttGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGaaaa > 2:1340037/1‑100 (MQ=255) tgttgCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCCGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGc < 2:322902/100‑1 (MQ=255) ttgCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAt > 1:423548/1‑100 (MQ=255) tgCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAt > 1:2171618/1‑99 (MQ=255) gCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAttt > 2:1607127/1‑100 (MQ=255) gCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAttt > 1:2149721/1‑100 (MQ=255) gCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAAATAATTGTGATAATGATAGACGCTATTTAAAACTTCACACGATTTGTATACGGAAAAg > 2:2033739/1‑95 (MQ=255) gCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAttt > 1:2174875/1‑100 (MQ=255) gCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTAACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAttt > 2:1709669/1‑100 (MQ=255) 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2:1878892/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTAt < 1:957281/100‑1 (MQ=255) aaaaaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTc < 1:1808793/100‑1 (MQ=255) aaaGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCaa < 2:207984/100‑1 (MQ=255) aaaGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCaa < 1:2119305/100‑1 (MQ=255) gCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAAttt < 1:1510005/100‑1 (MQ=255) ccACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTa > 1:1804641/1‑100 (MQ=255) ccACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTa < 2:96096/100‑1 (MQ=255) ccACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTa < 1:1970228/100‑1 (MQ=255) tatGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAt < 2:687049/100‑1 (MQ=255) tatGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACAGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAt > 2:1327243/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTtta > 2:450413/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTtta > 2:228907/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTtta < 2:1819098/100‑1 (MQ=255) | AGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTA > NC_000913/1407761‑1407958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |