| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,544,201 | A→G | 15.6% | intergenic (‑141/+183) | narU ← / ← yddK | nitrate/nitrite transporter/pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,544,201 | 0 | A | G | 15.6% | 173.6 / 21.8 | 76 | intergenic (‑141/+183) | narU/yddK | nitrate/nitrite transporter/pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/27); new base G (8/4); total (45/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAACACGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCT > NC_000913/1544102‑1544300 | aaaCACGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCa > 1:1816956/1‑100 (MQ=255)aaaCACGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCa > 2:599054/1‑100 (MQ=255)aaaCACGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCa > 1:1848206/1‑100 (MQ=255) cacGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGaa > 1:661171/1‑100 (MQ=255) cGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATg > 2:1763099/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATggg > 1:92738/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATggg < 1:574514/100‑1 (MQ=255) aGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATggg > 1:1609111/1‑100 (MQ=255) ggTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATgggg < 2:729757/100‑1 (MQ=255) ggTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATgggg < 2:1498540/100‑1 (MQ=255) ggCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTaa > 2:1066426/1‑100 (MQ=255) gcgcAATAGCCAGTTATTAGAAGTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATAGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTaa > 2:1954896/1‑99 (MQ=255) gcAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTa > 2:162058/1‑100 (MQ=255) cAATAGCCATTTATTAAAAAAAAGAATAAAATAGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAAAAAATAACAAAGCGTAAGCGCGCTGGCAGAAAGGGAAATAAg > 2:2155996/1‑97 (MQ=255) cAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAg < 2:1697380/100‑1 (MQ=255) aaTAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAg < 2:2211387/99‑1 (MQ=255) aTAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGcc < 2:95827/100‑1 (MQ=255) tAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCa < 2:2043880/100‑1 (MQ=255) tAGCCAGTTATTAGAATTAAGAATCAATTGGGTGAAGTGCTTATTGAAAGAATAAATATGAAACCGTAACCGCGGGTGCGGAATGGGCATTAAGTAGcc < 2:2190161/99‑1 (MQ=255) gCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGa > 1:1127927/1‑100 (MQ=255) gCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGa < 2:1896791/100‑1 (MQ=255) cgatctttaGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGata < 1:787697/94‑1 (MQ=255) cAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGata > 1:88590/1‑100 (MQ=255) tattaGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATAtgtg < 2:113941/100‑1 (MQ=255) ttaGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGataagatcg > 2:787688/1‑94 (MQ=255) ttaGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGtt < 1:976861/100‑1 (MQ=255) taGAATTAAGACTGAATTGGGTGAAGTGCTGAATGAAAGAATAAATACGAAAGCGTAACAGCGTGGGCAGAATGGTGATTATGTAGCTAGatat > 2:2270132/1‑94 (MQ=255) aGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTAc < 1:320255/100‑1 (MQ=255) aGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTAc > 2:337684/1‑100 (MQ=255) aaTTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGTGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTa < 2:9544/100‑1 (MQ=255) ttAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTaaa > 1:1541820/1‑100 (MQ=255) ggATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGta > 1:1499510/1‑100 (MQ=255) ggATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGta < 1:775195/100‑1 (MQ=255) ggATGAATTGGGTGAAGTGCTGAATGAAAGAATAGATAAGTAAGCGTAACCGCGAGGGCAGAATGGGGATTACGTAGCAAGATATGTGTTACTAAATGta > 2:1388420/1‑100 (MQ=255) gATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGtaa > 2:1225123/1‑100 (MQ=255) tGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGtaact > 2:1102953/1‑100 (MQ=255) aaTTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGtaactaa < 2:389908/100‑1 (MQ=255) aTTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAATAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGTGATTAAGTAGCCTGATATGTGTTACTAAATGtaacta < 2:1018784/98‑1 (MQ=255) aTTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGtaactaa > 1:1859218/1‑99 (MQ=255) tGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACaa < 1:1648001/100‑1 (MQ=255) ggTGAAGTGCTGCTTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGc < 2:1964118/100‑1 (MQ=255) ggTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGc < 2:2273472/100‑1 (MQ=255) gTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCt > 1:1187089/1‑100 (MQ=255) gTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCt < 2:1809442/100‑1 (MQ=255) cTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCa < 1:44305/100‑1 (MQ=255) gATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCaaa > 2:533458/1‑100 (MQ=255) ttGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACg > 2:2086949/1‑100 (MQ=255) ttGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACg > 1:1311049/1‑100 (MQ=255) tGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACgg > 1:762088/1‑100 (MQ=255) gAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACggg > 1:1401354/1‑100 (MQ=255) gAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACggg > 1:1172064/1‑100 (MQ=255) gAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACggg > 1:19139/1‑100 (MQ=255) aaaGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACgggg < 1:2058572/100‑1 (MQ=255) aaaGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACgggg < 2:632962/100‑1 (MQ=255) aGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGtt > 2:1405486/1‑100 (MQ=255) gAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGtt > 1:21899/1‑99 (MQ=255) aGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCt > 2:2250930/1‑100 (MQ=255) gATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCtt < 1:1654857/100‑1 (MQ=255) aTAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCttt > 1:1412005/1‑100 (MQ=255) tAAGAAAGCGTAACCGCGGTGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCttag > 1:770059/1‑98 (MQ=255) tAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTg < 2:865388/100‑1 (MQ=255) tAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTg > 1:1700740/1‑100 (MQ=255) ngAAAGCGTAACCGCGGGGGCGGAAAGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATCTAACTAACCAGCTAAACTTCAAACGGGGTTAATCTTTg > 2:796336/2‑98 (MQ=255) aGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGaa > 1:502267/1‑100 (MQ=255) aGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGaa > 2:1871538/1‑100 (MQ=255) aGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGaa > 1:1356068/1‑100 (MQ=255) gCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGTGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAAACTTCAAGCGTGGTTAATCTTTGAACGTAt < 2:1405395/100‑1 (MQ=255) cGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATg < 2:1759117/100‑1 (MQ=255) gTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGt > 2:2264346/1‑100 (MQ=255) tAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGTCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTc < 1:765368/100‑1 (MQ=255) tAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTc < 2:936369/100‑1 (MQ=255) aCCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCAt > 1:1271844/1‑100 (MQ=255) ccGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATg > 1:680000/1‑100 (MQ=255) cgcgGGGGCGGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGt > 1:970488/1‑100 (MQ=255) gcgGGAGCAGTATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGtt < 1:2189435/100‑1 (MQ=255) ggggCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCa > 2:2287325/1‑100 (MQ=255) gCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAAcc > 1:1111903/1‑100 (MQ=255) cAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAAccc > 1:1492673/1‑100 (MQ=255) cAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAAccc > 2:145546/1‑100 (MQ=255) aGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCt < 1:599057/100‑1 (MQ=255) | AAACACGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCT > NC_000913/1544102‑1544300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |