| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,062,022 | A→C | 44.1% | intergenic (‑89/‑238) | nac ← / → asnV | nitrogen assimilation regulon transcriptional regulator; autorepressor/tRNA‑Asn |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,062,022 | 0 | A | C | 44.1% | 6.4 / 105.4 | 74 | intergenic (‑89/‑238) | nac/asnV | nitrogen assimilation regulon transcriptional regulator; autorepressor/tRNA‑Asn |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/22); new base C (9/23); total (28/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
GAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGTA > NC_000913/2061925‑2062121 | gAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATAGGCACAAGTGCCACCATTACTTACAACAAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGTTGTTGCTg > 2:170861/1‑100 (MQ=255) aGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGt < 1:2020572/99‑1 (MQ=255) gTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTAc > 2:818427/1‑100 (MQ=255) cATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAg < 1:2058984/100‑1 (MQ=255) cATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAg < 2:465042/100‑1 (MQ=255) tGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCt > 1:29533/1‑100 (MQ=255) tGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCt < 2:1487787/100‑1 (MQ=255) gTTGCAACCGGTCTTTAAGAACCGGCCAAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGGTTGCCAGTTTTTTTTTGATGTTGaatttaa > 2:1622519/1‑89 (MQ=255) tGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAAc < 2:232563/100‑1 (MQ=255) gCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAAcc > 1:434664/1‑100 (MQ=255) ccTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCa > 2:739997/1‑100 (MQ=255) ccTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCa > 2:381709/1‑100 (MQ=255) cTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCaa > 1:1202760/1‑100 (MQ=255) cTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCaa > 2:789773/1‑100 (MQ=255) tCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAAc > 1:48439/1‑100 (MQ=255) ccGGTTTTTAAGAAGCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACt < 2:1814827/100‑1 (MQ=255) ggTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGt < 2:1735859/100‑1 (MQ=255) ggTTTTTAAGAATCGGCACAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGAAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAAACAACTGt > 2:1315018/1‑100 (MQ=255) tttttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAAGTGTCa < 1:904074/100‑1 (MQ=255) tctttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCa < 1:1161593/98‑1 (MQ=255) ttttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCaa > 1:1539371/1‑100 (MQ=255) ttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAAt < 2:1846922/100‑1 (MQ=255) ttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCaaga > 2:1161582/1‑98 (MQ=255) tAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATa < 2:2151006/100‑1 (MQ=255) aggaTCGGCCTAAGTGTCGCCATTACTTACAAGCAGATTTCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGATGTTGATGTTCTAGTTAACAAACAGGCAAATaa < 2:470299/96‑1 (MQ=255) aaTCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTATTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAagag > 2:1261300/1‑100 (MQ=255) ggCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa < 1:818436/100‑1 (MQ=255) ggCCCAAGCGCCATCATTACTTACAACAAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGTTGTTGATGTACAATCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa > 2:2247210/1‑100 (MQ=255) cAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGAt > 2:1905927/1‑100 (MQ=255) cAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGAt < 2:2343339/100‑1 (MQ=255) gTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGa > 1:1408751/1‑100 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt < 1:2040533/100‑1 (MQ=255) ccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTTTTGATGTACACGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTc > 2:227642/1‑100 (MQ=255) ccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTc < 1:1245494/100‑1 (MQ=255) cgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 1:1385352/100‑1 (MQ=255) cgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 2:334706/100‑1 (MQ=255) gtcATTACTTATAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTc < 1:30707/96‑1 (MQ=255) gccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 1:742240/99‑1 (MQ=255) ccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTc < 1:278804/100‑1 (MQ=255) ttacttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCAtt < 2:1875140/100‑1 (MQ=255) acttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTg < 2:2202839/100‑1 (MQ=255) tacATCTAGATTGCAATATGTTTGCCAGTTTTATTTTGTTGTTGTTGTACAATCTAACCAACTGTCTAATAAGAGTTTATGTTAGATTCGTCATTTGCTc < 2:1990412/100‑1 (MQ=255) tacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTc < 1:906365/100‑1 (MQ=255) cAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCt < 2:2029639/100‑1 (MQ=255) cAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCt > 2:2240648/1‑100 (MQ=255) aCCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCttt > 1:2350026/1‑100 (MQ=255) aGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAAt < 1:551005/100‑1 (MQ=255) gATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATc < 2:162885/100‑1 (MQ=255) gATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATc < 1:901108/100‑1 (MQ=255) gATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATc < 1:1620699/100‑1 (MQ=255) aTTACAATATGCTTTCCAGTTTTATTTTGTTGTTAATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATc < 1:1315032/99‑1 (MQ=255) tGCAGGATGCTTGCCAGTATTATATTGATGTTGATGTACAAGATAACCAACTGACAAATAAGATATAATGATAGATTCGTCATTTGCTACGTTAATCaac > 2:1466688/1‑98 (MQ=255) gCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCt > 1:1227450/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACTAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTcgcg < 2:1635848/100‑1 (MQ=255) tGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTcgcg > 1:1204165/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTcgcg < 1:1747224/100‑1 (MQ=255) ttGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTc < 1:1717860/100‑1 (MQ=255) tGCCAGTTTTTTTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTTGTTATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTcc < 2:1572420/100‑1 (MQ=255) tGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTcc < 2:1592083/100‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTccc < 2:360844/100‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTccc < 2:333210/100‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTccc > 1:2061295/1‑100 (MQ=255) ccAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTcccc < 1:1578253/100‑1 (MQ=255) cAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCt > 1:2210612/1‑100 (MQ=255) ngTTTTATTCTGGTGTTGATCTACAAGCTAACAAAACGTCAAATATGACAATTAGATAGAATAGTCATTGTCTCCTTTAATCAGCTTTTGCGTTCCCCt > 2:1154796/2‑99 (MQ=255) aGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCGGCTGTCGCGTTCCCCTg < 1:1864393/100‑1 (MQ=255) ttttATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGcc < 1:1968798/100‑1 (MQ=255) tttATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGccc < 1:878877/100‑1 (MQ=255) tATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCta > 2:1872318/1‑100 (MQ=255) tATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATAATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCATCTGTCACGTTCCCCTGc > 2:1114949/1‑96 (MQ=255) ttttGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCtata < 1:1463388/100‑1 (MQ=255) tGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAGTCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATaaaa > 1:1648847/1‑100 (MQ=255) tgtTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAagga < 1:1261313/100‑1 (MQ=255) gtTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAaggag < 1:1894937/100‑1 (MQ=255) tGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAggg < 2:554134/100‑1 (MQ=255) aTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGTa < 2:2277548/100‑1 (MQ=255) | GAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGTA > NC_000913/2061925‑2062121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |