| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,071,321 | A→G | 100% | intergenic (+110/‑218) | yeeP → / → flu | pseudogene, CP4‑44 prophage; 50S ribosome‑binding GTPase family;Phage or Prophage Related; putative histone/CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,071,321 | 0 | A | G | 97.3% | 276.3 / ‑2.6 | 85 | intergenic (+110/‑218) | yeeP/flu | pseudogene, CP4‑44 prophage; 50S ribosome‑binding GTPase family;Phage or Prophage Related; putative histone/CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (39/43); total (41/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGCCCTCCCTGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCAATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGTCAGTAACATGCACAGATACGTACAGAAAGACATTCAGGG > NC_000913/2071225‑2071414 | gATGCCCTCCCTGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGata > 2:590053/1‑100 (MQ=255) tGCCCTCCCTGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATc < 2:1493442/100‑1 (MQ=255) ccctccctGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTa < 1:1983091/100‑1 (MQ=255) ccctccctGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTa < 1:1636959/100‑1 (MQ=255) ccctccctGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTa > 1:1380413/1‑100 (MQ=255) ctccctGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTAtt > 2:769112/1‑100 (MQ=255) 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ttttCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCtaata < 1:1514143/100‑1 (MQ=255) gTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAAc > 2:1743296/1‑100 (MQ=255) aCTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCtt < 1:1411546/100‑1 (MQ=255) tGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTg < 2:1995901/100‑1 (MQ=255) tGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTg < 1:118185/100‑1 (MQ=255) tGTCTCTCTTGTCCATGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATGTCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTg < 2:365369/100‑1 (MQ=255) gTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGt > 1:2365512/1‑100 (MQ=255) gTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGt > 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aaCGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGTCAGTAACATGCACAGATACGTACAGAAAGACATTCAgg < 1:1533053/100‑1 (MQ=255) aCGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGTCAGTAACATGCACAGATACGTACAGAAAGACATTCAggg > 1:2063526/1‑100 (MQ=255) aCGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGTCAGTAACATGCACAGATACGTACAGAAAGACATTCAggg < 2:1244388/100‑1 (MQ=255) aCGATCGATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGTCAGTAACATGCACAGATACGTACAGAAAGACATTCAggg < 2:942992/100‑1 (MQ=255) | GATGCCCTCCCTGACTCTGAGTCTGCTCACAAAAGCACTGTTTTCGTTACTGTCTCTCTTGTCCGTGCAATAGCTCAATAATAGAATAAAACGATCAATATCTATTTTATCGATCGTTTATATCGATCGATAAGCTAATAATAACCTTTGTCAGTAACATGCACAGATACGTACAGAAAGACATTCAGGG > NC_000913/2071225‑2071414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |