| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,161,946 | A→G | 28.7% | A161A (GCA→GCG) | iceT → | putative citrate/iron‑citrate/zinc‑citrate efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,161,946 | 0 | A | G | 28.7% | 71.1 / 41.8 | 61 | A161A (GCA→GCG) | iceT | putative citrate/iron‑citrate/zinc‑citrate efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/29); new base G (10/7); total (24/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
CAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCG > NC_000913/2161854‑2162044 | cAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGc > 1:1375217/1‑100 (MQ=255) gcggcgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCt > 1:692448/1‑100 (MQ=255) gATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGGGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTg > 2:1838802/1‑100 (MQ=255) gATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTg < 1:742483/100‑1 (MQ=255) gATGACCTTGGTCACGTTGCCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGGCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCtgttgg < 2:1527454/100‑3 (MQ=255) gACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATc < 2:803657/100‑1 (MQ=255) gACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGATGGTGGAGTACGCATCGTGGTACTGGATCTTTTTGATc < 2:1477450/100‑1 (MQ=255) agcTTTGTCACGGGACCCGGTCGGGTCGGTGTTCTTCGCGGGCCGGCGCTCGGGGGGCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATc < 2:835045/97‑1 (MQ=255) aCCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCa < 1:774132/100‑1 (MQ=255) ttGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTTGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACAt < 1:1433018/100‑1 (MQ=255) gTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTc < 2:1726027/100‑1 (MQ=255) gctggtgggccGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTcc < 2:41515/91‑1 (MQ=255) cACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCg > 2:1854368/1‑100 (MQ=255) cGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGt > 2:932129/1‑100 (MQ=255) gTTACCCGTTCAGGTCAGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGt < 1:1128054/99‑1 (MQ=255) ttACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTgg < 2:1356122/100‑1 (MQ=255) tACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTggg > 2:1721450/1‑100 (MQ=255) aCCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTgggg > 1:2168584/1‑100 (MQ=255) ccgggTCAGGTAGGTCCGCTGCTTGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACAGTCCGGTGGGGa < 2:66424/97‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGTCGGTACGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGa < 2:1182222/99‑1 (MQ=255) tCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATc < 2:993155/100‑1 (MQ=255) aGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCgg < 2:1217435/100‑1 (MQ=255) ggtcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGt > 1:2055120/1‑100 (MQ=255) ggtcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGt > 2:2026667/1‑100 (MQ=255) gtcggtcTGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTg < 1:843588/100‑1 (MQ=255) gtcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTg > 1:1992375/1‑100 (MQ=255) gtcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTg < 1:2236934/100‑1 (MQ=255) gtcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTg < 1:2236627/100‑1 (MQ=255) tcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGc < 1:1695418/100‑1 (MQ=255) tcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGc < 1:1549415/100‑1 (MQ=255) gtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGAt > 1:387473/1‑100 (MQ=255) ccGCTGCTCGGTCCGGCGCTGGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCg > 2:1457965/1‑100 (MQ=255) ccGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCg > 2:49304/1‑100 (MQ=255) ccGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCg < 1:2229366/100‑1 (MQ=255) gctgctCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGcc < 1:2295609/100‑1 (MQ=255) tgctCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCcac > 1:1151762/1‑100 (MQ=255) ctCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCcaca > 2:1940292/1‑99 (MQ=255) ctCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACAt > 1:131123/1‑100 (MQ=255) tCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACAtt < 2:2136015/100‑1 (MQ=255) ggTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGc < 2:2398080/100‑1 (MQ=255) tCCGCCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTg < 1:1304178/100‑1 (MQ=255) ccGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGt < 2:1397610/100‑1 (MQ=255) ccGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGt > 2:1933341/1‑100 (MQ=255) ggCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGGCACATTGCTGTTa > 1:1392108/1‑100 (MQ=255) ggCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTa < 2:965223/100‑1 (MQ=255) gcgcTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTaa < 1:1655774/100‑1 (MQ=255) cgcTCGGCGGTCTGCTGGTGGGGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAAt < 1:1838823/100‑1 (MQ=255) ggcggTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGa > 2:1803265/1‑100 (MQ=255) cggTCTGGTGGTGGAGTACGTATCGTGGCACTGTGGCTTTTTGATCAATCTTTCGGTGGGGATTAGCGGTGCGATCGCCTCATTGCTGTTAATGCCGa < 2:1452769/98‑1 (MQ=255) cggTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAAc < 2:819819/100‑1 (MQ=255) tCTGCTGGTGGAGTACGCGTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTac > 1:1495737/1‑100 (MQ=255) ttctgGTGGATTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTac < 2:1660302/96‑1 (MQ=255) tgctgGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTacac < 1:2166776/100‑1 (MQ=255) gctgGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACAcc > 1:1064694/1‑100 (MQ=255) tggtggAGTACGCATCGTGGCACTGGATATTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACAcc < 1:321677/98‑1 (MQ=255) tggAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCa > 1:2153862/1‑100 (MQ=255) tggAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCa > 1:2163956/1‑100 (MQ=255) aGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGAc < 1:1042911/100‑1 (MQ=255) gTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGAcg < 2:1064684/100‑1 (MQ=255) aCGCTTCGTGGTTCTGGATCTTTTTGATTTACTTTCCGGTGGTGATTANCGGTNCGATCGCAACGTTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGAcgcn < 1:877370/100‑2 (MQ=255) aCGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGAcgcg > 1:449982/1‑100 (MQ=255) aTCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACgcggcg > 1:800704/1‑99 (MQ=255) | CAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCG > NC_000913/2161854‑2162044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |