| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,319 | (T)5→4 | intergenic (‑316/+384) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,315 | 0 | T | . | 96.7% | 263.9 / 2.0 | 60 | intergenic (‑312/+388) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (27/31); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
TAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAA > NC_000913/1212218‑1212410 | tAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt < 2:574138/100‑1 (MQ=255)tAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt < 1:1519604/100‑1 (MQ=255) aGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCtttt > 1:584968/1‑100 (MQ=255) cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttttat < 2:720043/100‑3 (MQ=255) taATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTtatata > 1:380106/1‑100 (MQ=255) aaTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTtatata < 1:1348065/100‑1 (MQ=255) aaTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATaa > 1:737641/1‑100 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAAc < 2:651080/100‑1 (MQ=255) tGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACg < 2:878848/100‑1 (MQ=255) taCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGataat > 1:900828/1‑100 (MQ=255) taCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGataat > 1:1166817/1‑100 (MQ=255) cATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGAtaataa > 2:1108249/1‑100 (MQ=255) ttCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTACCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATg < 2:868310/100‑1 (MQ=255) tCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGa > 2:1149837/1‑100 (MQ=255) tCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGa < 2:170692/100‑1 (MQ=255) tCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGa < 2:153483/100‑1 (MQ=255) cAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGaa > 1:379779/1‑100 (MQ=255) aaaTGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAat > 1:210601/1‑100 (MQ=255) aaaTGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAat < 2:92216/100‑1 (MQ=255) aaTGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAata > 2:269833/1‑100 (MQ=255) gACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATaa > 1:142180/1‑100 (MQ=255) gACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATaa < 1:1185809/100‑1 (MQ=255) tGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGca < 2:379778/100‑1 (MQ=255) aCATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGcatga < 2:1518426/100‑1 (MQ=255) cATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGcatgac > 2:347021/1‑100 (MQ=255) tGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATgag < 2:218531/100‑1 (MQ=255) aTTACAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCTATTTGCTAAACATTATAGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATCACATCAGAATa > 2:1063302/1‑100 (MQ=255) aTTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATa > 2:1027352/1‑100 (MQ=255) aTTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATa > 2:431140/1‑100 (MQ=255) ttAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATaa < 1:679788/100‑1 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAg > 2:27099/1‑100 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAAAATTATGGTTGCC‑TTTTATAGAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAg > 2:859148/1‑100 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAgg < 2:1308673/100‑1 (MQ=255) aaCATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGtt < 1:1526493/100‑1 (MQ=255) aaCATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGtt > 2:445845/1‑100 (MQ=255) aCATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGttt > 1:274209/1‑100 (MQ=255) cATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTc > 2:1205522/1‑100 (MQ=255) aGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAAt > 2:625264/1‑100 (MQ=255) ccTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAAttt > 2:1108608/1‑100 (MQ=255) ccTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAAttt > 1:7420/1‑100 (MQ=255) ttATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTg < 1:1027359/100‑1 (MQ=255) ttATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTg < 1:411225/100‑1 (MQ=255) ttATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTg < 1:1553055/100‑1 (MQ=255) aTGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAg < 1:27099/100‑1 (MQ=255) aCTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATTACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTta < 1:543288/98‑1 (MQ=255) tttGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTtatata < 1:388677/100‑1 (MQ=255) ttGTGCCAATTTGGTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAg < 1:53581/100‑1 (MQ=255) tgtgCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGTCATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAgg < 1:1108615/100‑1 (MQ=255) tgCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGaa > 1:1313756/1‑100 (MQ=255) gCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAAt > 1:364617/1‑100 (MQ=255) gCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAAt > 2:48330/1‑100 (MQ=255) cTAAACATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAAcc < 2:987299/100‑1 (MQ=255) aaaCATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCt > 1:132429/1‑100 (MQ=255) aaaCATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTg < 2:1514791/100‑1 (MQ=255) aaaCATTATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTg > 2:1482474/1‑100 (MQ=255) ttATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCt < 1:705507/100‑1 (MQ=255) tATGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGCATCTAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTg < 2:1311479/100‑1 (MQ=255) aTGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTgg < 2:852428/100‑1 (MQ=255) tGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGc < 2:274208/100‑1 (MQ=255) tGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGc < 2:737422/100‑1 (MQ=255) tGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGc < 2:1214169/100‑1 (MQ=255) tGGTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGc < 1:945887/100‑1 (MQ=255) gTTGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTa < 1:1108256/100‑1 (MQ=255) ttGCC‑TTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTaa > 2:446676/1‑100 (MQ=255) | TAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAA > NC_000913/1212218‑1212410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |