| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306 | (T)7→8 | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 98.2% | 191.5 / ‑3.0 | 55 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (27/27); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCA > NC_000913/1712204‑1712390 | tctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:314029/2‑100 (MQ=255)ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:740392/1‑100 (MQ=255)ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 1:288980/100‑1 (MQ=255)ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 2:854073/100‑1 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt > 2:1136324/1‑100 (MQ=255) tttttAAAACATCTCTTCACCCTCACTGATGACATAGCTAAACGTTATTATCAGGTTTTCCGTTTAAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 2:690165/97‑1 (MQ=255) 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2:590308/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAATATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:843459/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:154143/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:858240/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 1:1227566/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt > 1:1288349/1‑100 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt > 1:1288311/1‑100 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 1:613551/100‑1 (MQ=255) 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2:1096088/100‑1 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 2:507426/100‑1 (MQ=255) gTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:201677/100‑1 (MQ=255) tAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:399792/99‑1 (MQ=255) tAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa < 1:986390/100‑1 (MQ=255) aaTCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 2:62226/1‑100 (MQ=255) tttGCTGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa < 2:588345/98‑1 (MQ=255) gCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg < 1:1005227/100‑1 (MQ=255) 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2:1080733/100‑1 (MQ=255) tGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGAAAGAATCAGGTTa > 2:1129526/1‑99 (MQ=255) cAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa > 1:992477/1‑100 (MQ=255) aGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAATATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 2:913194/100‑1 (MQ=255) aGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 1:16281/100‑1 (MQ=255) ggTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc < 2:1073545/100‑1 (MQ=255) gTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa > 1:933413/1‑100 (MQ=255) | CCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCA > NC_000913/1712204‑1712390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |