| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656 | (T)7→8 | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 97.1% | 239.9 / 0.3 | 69 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (31/36); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
GTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469553‑2469743 | gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttt > 1:1186225/1‑100 (MQ=255) tttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttt < 2:995693/100‑1 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 2:1112199/100‑3 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 1:891620/100‑3 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 2:768559/100‑3 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 1:891605/100‑3 (MQ=255) catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgt < 1:1260845/100‑5 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgtt < 2:712788/100‑6 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTg < 1:594789/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 2:1489684/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 2:1128147/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt > 2:1230993/1‑100 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCta > 1:130720/1‑100 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCta > 2:401627/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTCTGCTTTTGCTATTTTTTTTTCGTTGCta > 1:1388225/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa > 1:60093/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttttttttt > 2:945037/1‑90 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaata > 2:594406/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat < 1:1155931/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat < 2:504452/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat > 1:340324/1‑100 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAataata < 2:1046200/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:1344706/100‑1 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 1:90747/1‑100 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 2:1389785/1‑100 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTaa > 2:242788/1‑100 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt < 2:1218249/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:340380/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTTTTTTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAtttt > 2:661770/1‑99 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:698432/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:280852/100‑1 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:788202/1‑100 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:1157384/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:641608/100‑1 (MQ=255) cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat < 1:1100796/100‑1 (MQ=255) ttttGGTTTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTa < 1:1367527/99‑1 (MQ=255) tttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAc < 1:1231000/100‑1 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:624964/100‑1 (MQ=255) tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtttatc > 2:1145754/1‑94 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTCAAAATCAATTTATATTAAcccc > 2:1047152/1‑100 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc > 1:1138782/1‑100 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAccc > 2:200999/1‑99 (MQ=255) tgtATTCATTAATATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 2:1533801/100‑1 (MQ=255) tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 1:401628/100‑1 (MQ=255) tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCGTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc > 1:1107212/1‑100 (MQ=255) gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt > 1:869450/1‑100 (MQ=255) tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa < 1:1389795/100‑1 (MQ=255) ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgt > 1:755770/1‑99 (MQ=255) aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt < 1:663786/100‑1 (MQ=255) cATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt < 2:1170018/100‑1 (MQ=255) aTGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc > 1:97541/1‑100 (MQ=255) tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc > 2:419568/1‑99 (MQ=255) tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 2:130720/100‑1 (MQ=255) gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:543408/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTTTTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTTACCCCACTAATAGTGTATTCat > 2:759593/1‑99 (MQ=255) aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat < 2:575346/100‑1 (MQ=255) aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 1:1007383/100‑1 (MQ=255) aaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTATAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatta > 2:138767/1‑100 (MQ=255) aaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatta < 2:1321177/100‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt > 1:1543268/1‑100 (MQ=255) ttccgatcTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:1549183/93‑1 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt > 1:1167903/1‑100 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:692504/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:171886/100‑1 (MQ=255) tATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGa < 1:338021/100‑1 (MQ=255) aTGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAACAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt > 1:1115240/1‑100 (MQ=255) gCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1432182/100‑1 (MQ=255) gCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa > 2:1170591/1‑100 (MQ=255) gCTTTTGATAT‑TTTTTTTCGTTGCTCATCATATCTACTGCTAAAATTCACTTTCTATTCACCCCACCAACAGTGTATTAATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1312935/100‑1 (MQ=255) cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:25184/100‑1 (MQ=255) cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:27490/100‑1 (MQ=255) cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 2:60093/100‑1 (MQ=255) ttttGTTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1000692/98‑1 (MQ=255) ttttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa > 2:118447/1‑97 (MQ=255) tttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTAGAtcggaa > 1:1549193/1‑95 (MQ=255) ttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATACTAACCCCACGAATAGCGTATTCATCTTATATTTTTTTTTATAGacac > 2:1061284/1‑100 (MQ=255) tGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCTCTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 1:594409/100‑1 (MQ=255) tGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAATAATAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 2:1516863/100‑1 (MQ=255) | GTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469553‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |