| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689 | +A | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 97.7% | 296.5 / ‑0.2 | 87 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base A (41/44); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
GCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235588‑4235779 | gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa > 1:1162644/1‑100 (MQ=255)gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa < 1:1199500/100‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa‑aa > 2:1573297/1‑100 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa‑aaa < 1:1244887/100‑2 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa‑aaat < 1:402723/100‑3 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATCCCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa‑aaatacg < 2:1004298/100‑6 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑aa‑aaatacg > 1:636163/1‑95 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGc < 1:1296919/100‑1 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGa < 1:1152955/100‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGAt > 2:460772/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGAtt > 1:136890/1‑100 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTa > 1:889228/1‑100 (MQ=255) aTAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTaa < 2:563615/100‑1 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAAt 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> 1:1047591/1‑100 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 2:1523724/100‑1 (MQ=255) aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt < 2:1451822/100‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 1:309084/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 1:429622/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta < 2:269342/100‑1 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa > 1:612268/1‑100 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg < 2:1446982/100‑1 (MQ=255) 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> 2:772855/1‑100 (MQ=255) aCCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa < 2:680480/100‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt > 2:1280695/1‑100 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt < 1:433085/100‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt > 2:1534637/1‑100 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg > 1:138779/1‑100 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg < 2:1286197/100‑1 (MQ=255) tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGt < 1:1573307/100‑1 (MQ=255) 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2:363947/100‑1 (MQ=255) aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATATTCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg < 2:936201/99‑1 (MQ=255) aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGt < 2:1420762/100‑1 (MQ=255) aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTAGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGt < 2:1365504/100‑1 (MQ=255) aTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGtt > 1:759861/1‑100 (MQ=255) tAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTg < 2:429620/100‑1 (MQ=255) gATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGTAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa < 2:829831/100‑1 (MQ=255) gATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGGTTTTTATTGTTATTTAAATATAAGtt > 2:1541800/1‑97 (MQ=255) 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2:1004526/1‑94 (MQ=255) aTCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTatat > 2:177391/1‑100 (MQ=255) aTCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTatat > 2:855247/1‑100 (MQ=255) tCGTTGTTTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAtt > 2:1000286/1‑100 (MQ=255) gttgttTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTg < 2:480174/100‑1 (MQ=255) attgttTATTTCGT‑AACAATAAGCAGATCAAATACTTTTGATTTTATTTTAAGTTTATTACTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTtata > 2:247838/2‑96 (MQ=255) ttgttTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa < 2:641415/100‑1 (MQ=255) tgttTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat < 2:1556496/100‑1 (MQ=255) tgttTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa < 2:640252/99‑1 (MQ=255) gttTATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata < 2:1126869/100‑1 (MQ=255) ttATTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt < 2:87107/100‑1 (MQ=255) aTTTCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca > 1:208871/1‑100 (MQ=255) ttCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt > 1:129055/1‑100 (MQ=255) ttCGGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt < 2:1510832/100‑1 (MQ=255) | GCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235588‑4235779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |