| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 755,789 | G→A | W77* (TGG→TAG) | sdhD → | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 755,789 | 0 | G | A | 80.3% | 148.0 / 32.2 | 71 | W77* (TGG→TAG) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/6); new base A (28/29); total (36/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
ATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATG > NC_000913/755693‑755881 | atGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCa > 2:637682/1‑100 (MQ=255)atGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCa < 1:637685/100‑1 (MQ=255)atGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCa < 1:389348/100‑1 (MQ=255) gAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAgg < 2:80340/100‑1 (MQ=255) aGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGgtg < 2:1025370/100‑1 (MQ=255) gTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGgtgt > 1:275394/1‑100 (MQ=255) gTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGgtgt > 2:345216/1‑100 (MQ=255) cTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTg < 1:1417404/100‑1 (MQ=255) tGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGa > 2:752521/1‑100 (MQ=255) ggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGAc > 2:1444910/1‑100 (MQ=255) aTCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCg < 2:786678/100‑1 (MQ=255) gTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTa > 1:844853/1‑100 (MQ=255) tttCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTAc < 2:1570266/100‑1 (MQ=255) tcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGt < 1:1149208/100‑1 (MQ=255) ttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTa > 1:153124/1‑100 (MQ=255) atctccTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTa < 1:1282189/96‑1 (MQ=255) cGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTaaa > 2:84575/1‑100 (MQ=255) nctctGCGTTCACTAAAGTGTTCACCCTGCTGGCACCGCTTTCTCTCTTGATCCATGCCTGTATCGGCATGTAGAAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAc > 2:971730/2‑99 (MQ=255) ccTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTaagat > 2:1282180/1‑97 (MQ=255) ccTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAcc > 1:943873/1‑100 (MQ=255) tGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTg < 2:1453887/100‑1 (MQ=255) cGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGc < 1:1511087/100‑1 (MQ=255) gTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCt > 1:303808/1‑100 (MQ=255) tCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCttt < 1:300329/100‑1 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg > 1:483754/1‑100 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg < 1:1315509/100‑1 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 1:613931/1‑100 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 1:997888/1‑100 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCATGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 1:1109830/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCTCTGGCTTTgcg > 1:231677/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 1:673761/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 2:372839/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 1:83982/1‑100 (MQ=255) cAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcgc > 1:331289/1‑100 (MQ=255) tgtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAt < 1:899213/100‑1 (MQ=255) tattCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAt < 2:1374513/98‑1 (MQ=255) gtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtg > 2:599356/1‑100 (MQ=255) ttCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgc < 2:613928/100‑1 (MQ=255) ttCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgc < 1:599359/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctg < 1:76109/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctg > 1:733400/1‑100 (MQ=255) cACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctg > 2:983391/1‑100 (MQ=255) cccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa < 1:1512011/100‑1 (MQ=255) cccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa < 1:203985/100‑1 (MQ=255) cccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa > 1:726869/1‑100 (MQ=255) ctgctgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctgc < 2:96371/97‑1 (MQ=255) ctgctgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAAc < 1:918645/100‑1 (MQ=255) ctgctgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAAc < 1:747254/100‑1 (MQ=255) gctgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTg < 2:526893/100‑1 (MQ=255) tgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGt < 1:107988/100‑1 (MQ=255) ggCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTg > 1:1165668/1‑100 (MQ=255) gcgcTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGa < 2:268014/100‑1 (MQ=255) cgcTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGAt < 2:33184/100‑1 (MQ=255) gTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTc > 1:1352947/1‑100 (MQ=255) cTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtg < 2:997880/100‑1 (MQ=255) ttGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtgg > 2:834275/1‑100 (MQ=255) ttGATCCATGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtgg > 1:708854/1‑100 (MQ=255) tGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggt > 1:773804/1‑100 (MQ=255) gATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCACCTGGTGATTGCCGTTGCACtggtg < 2:1339392/100‑1 (MQ=255) gATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggtg < 1:834281/100‑1 (MQ=255) cATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGttt > 1:1364493/1‑100 (MQ=255) cATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGttt < 2:83982/100‑1 (MQ=255) aTGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTa < 2:153124/100‑1 (MQ=255) aTGCCTGGATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTa < 1:345217/100‑1 (MQ=255) gCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACg > 2:199706/1‑100 (MQ=255) cttGGATCGGCATATAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACGGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGt > 1:1063939/3‑100 (MQ=255) ccTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGt < 2:1109823/100‑1 (MQ=255) ccTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGt > 1:81151/1‑100 (MQ=255) cTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTg > 1:237407/1‑100 (MQ=255) ggATCGGCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAt < 1:723257/100‑1 (MQ=255) ggCATGCAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:1500342/1‑100 (MQ=255) | ATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATG > NC_000913/755693‑755881 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |