| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,172,553 | A→G | I471T (ATC→ACC) | mfd ← | transcription‑repair coupling factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,172,553 | 0 | A | G | 96.0% | 164.1 / ‑2.2 | 50 | I471T (ATC→ACC) | mfd | transcription‑repair coupling factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (23/25); total (24/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GCCACCCGCTTCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGATCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAGCGCCAGATTAC > NC_000913/1172456‑1172649 | gCCACCCGCTTCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTc > 1:1295257/1‑100 (MQ=255)gCCACCCGCTTCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTc < 1:143698/100‑1 (MQ=255) cACCCGCTTCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAg < 1:817299/100‑1 (MQ=255) cccGCTTCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAgtg < 2:889559/100‑1 (MQ=255) tCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACAAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCgg < 2:972836/100‑1 (MQ=255) ccAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGATCAGTGTATCggg < 2:1087420/100‑1 (MQ=255) cAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCgggg < 2:226529/100‑1 (MQ=255) cAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCgggg < 1:641363/100‑1 (MQ=255) cAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCgggg < 1:641356/100‑1 (MQ=255) gCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCGAGGTTCCGGGTCAGTGTATCGGAGtt > 2:903831/1‑100 (MQ=255) cGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTg < 1:1280252/100‑1 (MQ=255) cGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTg < 2:447083/100‑1 (MQ=255) gTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGa < 1:721083/100‑1 (MQ=255) ggTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATg < 1:1112383/100‑1 (MQ=255) gTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATgg < 1:1286590/100‑1 (MQ=255) tCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGt > 1:252098/1‑100 (MQ=255) tCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGATCAGTGTATCGGGGTTGATgg > 1:459835/1‑99 (MQ=255) cATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTg < 2:1562105/100‑1 (MQ=255) aTTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTgc > 1:876437/1‑100 (MQ=255) cGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTgcggcg > 1:265400/1‑100 (MQ=255) ggCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCga < 2:1014384/100‑1 (MQ=255) ggCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCga > 2:549190/1‑100 (MQ=255) tAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAAt > 2:1443374/1‑100 (MQ=255) cgaccgacGACGTGCTCCAGATGGACCTCCGGATGGCCGATATGCGGTTCGGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCt < 2:916394/100‑1 (MQ=255) ccgacGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTgac < 2:1420993/100‑1 (MQ=255) cgacGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTgacg < 1:340014/100‑1 (MQ=255) tGCGCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACggg < 1:9209/100‑1 (MQ=255) cTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCa > 1:1116147/1‑100 (MQ=255) tCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCaa > 1:961036/1‑100 (MQ=255) cAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAAcg > 2:1008060/1‑100 (MQ=255) ggACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGTGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTc < 2:872059/100‑1 (MQ=255) accaccGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCAc > 1:967106/1‑100 (MQ=255) ccaccGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCAcc > 1:1478186/1‑100 (MQ=255) accGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGa > 1:1430818/1‑100 (MQ=255) cGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGc > 1:176658/1‑100 (MQ=255) ggCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGa > 2:1552898/1‑97 (MQ=255) tGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGAt > 1:890113/1‑100 (MQ=255) gACCAATATGCAGTGCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATc < 2:452927/100‑1 (MQ=255) ccAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGc > 2:667117/1‑100 (MQ=255) atatGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCttt > 1:486111/1‑100 (MQ=255) tatGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTc < 2:1386629/100‑1 (MQ=255) atGCAGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCg > 2:328598/1‑100 (MQ=255) aGTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCaaa > 1:642849/1‑100 (MQ=255) gTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAAt > 1:1403925/1‑100 (MQ=255) gTTCCGCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAAt > 1:624496/1‑100 (MQ=255) gCAAGGTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAgcg < 1:667120/100‑1 (MQ=255) gTTACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAGCGCCAGa < 2:401592/100‑1 (MQ=255) tACGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAGCGCCAGAtt < 2:8487/100‑1 (MQ=255) cGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAGCGCCAGATTAc < 2:265399/100‑1 (MQ=255) cGGGTCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAGCGCCAGATTAc > 2:24956/1‑100 (MQ=255) | GCCACCCGCTTCCAGCGTGGTCATTCCGGCATAACGACCGACGCCGTGCTCCAGATGGACCACCGGCTGACCAATATGCAGTTCCGCAAGGTTACGGATCAGTGTATCGGGGTTGATGGTGCGGCGAGAATCCTGACGACGACGGGCAACGCGTTCACCGAGCAGATCGCTTTCGCAAATCAGCGCCAGATTAC > NC_000913/1172456‑1172649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |