| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,062,022 | A→C | intergenic (‑89/‑238) | nac ← / → asnV | nitrogen assimilation regulon transcriptional regulator; autorepressor/tRNA‑Asn |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,062,022 | 0 | A | C | 88.5% | 245.9 / 13.8 | 79 | intergenic (‑89/‑238) | nac/asnV | nitrogen assimilation regulon transcriptional regulator; autorepressor/tRNA‑Asn |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/3); new base C (21/48); total (27/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAG > NC_000913/2061925‑2062117 | gAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTg < 1:1100499/100‑1 (MQ=255) aaGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGtgttgttgt > 1:1539660/1‑100 (MQ=255) aaGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGt < 2:713840/100‑1 (MQ=255) aaGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGt < 2:95753/100‑1 (MQ=255) aGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTa < 2:1366518/100‑1 (MQ=255) gTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGGCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTAc > 2:1242504/1‑100 (MQ=255) gTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTAc < 2:1561634/100‑1 (MQ=255) gTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTAc < 2:1561544/100‑1 (MQ=255) gTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTAc < 1:1143406/100‑1 (MQ=255) cATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAg > 2:631988/1‑100 (MQ=255) aTGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGc < 1:914678/100‑1 (MQ=255) aTGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGc < 1:85028/100‑1 (MQ=255) aTGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGc > 2:1178625/1‑100 (MQ=255) gTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTa > 2:1409614/1‑100 (MQ=255) tGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAAc < 2:881950/100‑1 (MQ=255) ccTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCa > 1:67320/1‑100 (MQ=255) ccTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCa > 1:300925/1‑100 (MQ=255) cTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCaa > 1:238422/1‑100 (MQ=255) cTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCaa > 2:992502/1‑100 (MQ=255) tCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAAc < 1:903219/100‑1 (MQ=255) ccGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACt > 1:1190834/1‑100 (MQ=255) cGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTg < 1:785399/100‑1 (MQ=255) ggTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGt < 2:1126683/100‑1 (MQ=255) tttttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGTTGTACAAGCTAACCAACTGTCa < 2:1539650/100‑1 (MQ=255) tttttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTg < 2:1515967/97‑1 (MQ=255) ttttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCaa > 1:982546/1‑100 (MQ=255) ttttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCaa < 2:784772/100‑1 (MQ=255) tttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTACCCAACTGTCaaa < 1:1032494/100‑1 (MQ=255) tttAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCaaa < 2:87560/100‑1 (MQ=255) tAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATa > 1:107148/1‑100 (MQ=255) aGAATGGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAag < 2:1303311/100‑1 (MQ=255) gAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAaga > 2:453972/1‑100 (MQ=255) cGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGAtt < 2:621224/100‑1 (MQ=255) ngCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa > 1:1152373/2‑100 (MQ=255) ggCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa > 2:1273482/1‑100 (MQ=255) aaGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATa < 1:1341295/100‑1 (MQ=255) aaGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATa < 1:1246303/100‑1 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt < 1:155690/100‑1 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt > 1:1467765/1‑100 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt < 1:383378/100‑1 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt < 2:525578/100‑1 (MQ=255) cgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 2:721787/100‑1 (MQ=255) gccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGt > 1:994375/1‑100 (MQ=255) ccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTc < 2:1404936/100‑1 (MQ=255) cATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCa < 1:974366/100‑1 (MQ=255) cATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGAACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCa < 2:6785/100‑1 (MQ=255) aTTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCAt < 1:1048894/100‑1 (MQ=255) ttaagtacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCAtt < 2:137982/95‑1 (MQ=255) cttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGc > 2:1037653/1‑100 (MQ=255) cttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGc < 1:1486855/100‑1 (MQ=255) cttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGc < 1:696398/100‑1 (MQ=255) cttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGc > 1:1099645/1‑100 (MQ=255) acAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTcc < 1:1317376/100‑1 (MQ=255) cAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCt < 1:1117956/100‑1 (MQ=255) cAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCt > 1:1258955/1‑100 (MQ=255) aaCCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCtt < 1:1390704/100‑1 (MQ=255) aaCCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCtt < 2:367759/100‑1 (MQ=255) aCCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCttt < 1:748352/100‑1 (MQ=255) ccAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTa > 1:9465/1‑100 (MQ=255) ccAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTa > 1:1302480/1‑100 (MQ=255) cAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTaa > 2:814081/1‑100 (MQ=255) gATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATc < 2:1287095/100‑1 (MQ=255) gATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATc < 2:245730/100‑1 (MQ=255) aTTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCa < 2:67320/100‑1 (MQ=255) ttGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAg < 1:204331/100‑1 (MQ=255) ttGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAg < 2:1146114/100‑1 (MQ=255) tGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGc < 1:95084/100‑1 (MQ=255) gCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCt > 1:1222825/1‑100 (MQ=255) cTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGtt > 2:367537/1‑100 (MQ=255) tGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTcc < 1:262821/100‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTCACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTc > 2:149277/1‑98 (MQ=255) ccAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTcccc < 1:1097405/100‑1 (MQ=255) ttttATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGcc < 2:729357/100‑1 (MQ=255) tATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCta < 1:478034/100‑1 (MQ=255) tATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCtn < 2:1152366/100‑2 (MQ=255) ttGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATaaa < 2:238421/100‑1 (MQ=255) tGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATaaaa < 1:259956/100‑1 (MQ=255) ggTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAag > 2:1322567/1‑100 (MQ=255) tgtTGCTGTACTAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTCGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAagga > 2:1007876/1‑100 (MQ=255) gtTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAaggag < 1:536085/100‑1 (MQ=255) | GAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAG > NC_000913/2061925‑2062117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |