| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,218,198 | C→T | Q293Q (CAG→CAA) | aer ← | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,218,198 | 0 | C | T | 98.6% | 245.7 / ‑4.6 | 70 | Q293Q (CAG→CAA) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (31/38); total (31/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGC > NC_000913/3218101‑3218292 | cATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTttgttg < 2:1331613/100‑1 (MQ=255)cATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTttgttg < 1:356884/100‑1 (MQ=255) aCTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACg < 1:940783/100‑1 (MQ=255) cTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTCCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGt < 1:1241124/100‑1 (MQ=255) tGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGtt < 2:500339/100‑1 (MQ=255) tGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGtt > 2:427617/1‑100 (MQ=255) ggCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTa < 2:567647/100‑1 (MQ=255) cAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATc > 2:869058/1‑100 (MQ=255) aGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCa < 2:793553/100‑1 (MQ=255) aTTGACAGTTTACCGGCAGCCGACGCTGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTAGCAAc < 2:993413/98‑1 (MQ=255) tGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTc < 1:962937/100‑1 (MQ=255) gTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTctgctg > 2:479102/1‑100 (MQ=255) tttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTgg < 2:1046985/100‑1 (MQ=255) tttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTAGCAACTGTCTGCTgg > 2:1068458/1‑100 (MQ=255) ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTggg < 1:993354/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTggg < 2:1021005/100‑1 (MQ=255) tATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGt < 1:1159827/100‑1 (MQ=255) tATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGt > 1:523469/1‑100 (MQ=255) cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGTCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg > 1:244396/1‑100 (MQ=255) cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg < 2:865080/100‑1 (MQ=255) cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg > 1:1183471/1‑100 (MQ=255) ggCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgt > 1:317968/1‑100 (MQ=255) ggCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgt > 2:1170210/1‑100 (MQ=255) cAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttc > 1:170616/1‑100 (MQ=255) cAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttc > 2:118076/1‑100 (MQ=255) cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 1:1552466/100‑1 (MQ=255) cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 1:490027/100‑1 (MQ=255) aCGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcag < 1:68965/100‑1 (MQ=255) cGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagt < 1:1569653/100‑1 (MQ=255) gCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagtt < 1:774233/100‑1 (MQ=255) gCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagtt < 1:1119109/100‑1 (MQ=255) cGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagttca > 2:1562335/1‑100 (MQ=255) gTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCAt > 1:548293/1‑100 (MQ=255) gTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCAt < 1:479105/100‑1 (MQ=255) tGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATc < 1:1170217/100‑1 (MQ=255) ggCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCg > 1:1349245/1‑100 (MQ=255) gCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCgg > 1:796573/1‑100 (MQ=255) cAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGt < 2:193195/100‑1 (MQ=255) cAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGt < 2:866514/100‑1 (MQ=255) agTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTg < 1:1571948/98‑1 (MQ=255) agTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGcc > 1:350148/1‑100 (MQ=255) gTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGc > 1:248212/1‑100 (MQ=255) tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 1:386394/100‑1 (MQ=255) tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc > 1:883981/1‑100 (MQ=255) tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 2:1191526/100‑1 (MQ=255) tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 2:607135/100‑1 (MQ=255) tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 1:897100/100‑1 (MQ=255) tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 1:514162/100‑1 (MQ=255) cACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGc > 2:595160/1‑100 (MQ=255) aCCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCg < 2:707928/100‑1 (MQ=255) ccGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGt < 2:548290/100‑1 (MQ=255) gACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtct < 2:1267631/100‑1 (MQ=255) aCGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtctc < 2:338130/100‑1 (MQ=255) cgccgcCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCATCGtct > 2:1376411/1‑98 (MQ=255) ccgccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACt > 1:1214198/1‑100 (MQ=255) cgtcATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCCGGGTCTGTTCGTTCAGTTCATCGGTACCCTTCGCCAGCGTCTCACTg > 2:852665/4‑100 (MQ=255) gccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGc < 1:82230/100‑1 (MQ=255) ccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGcc > 2:39259/1‑100 (MQ=255) cATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCa > 1:1448007/1‑100 (MQ=255) tGGTTCATTGTCGTCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTc < 2:1235124/100‑1 (MQ=255) ggTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCt > 1:1511308/1‑100 (MQ=255) gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTTACTGCCATTTCTg < 1:1068465/100‑1 (MQ=255) gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg > 1:275941/1‑100 (MQ=255) gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg < 2:1343796/100‑1 (MQ=255) tCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGac < 2:316961/100‑1 (MQ=255) cATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGaca > 1:316963/1‑100 (MQ=255) aTGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGacac > 2:1554533/1‑100 (MQ=255) ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 1:1151039/1‑100 (MQ=255) ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg < 2:954284/100‑1 (MQ=255) ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 2:337447/1‑100 (MQ=255) gTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTgg < 2:228221/100‑1 (MQ=255) gTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGc > 1:543933/1‑100 (MQ=255) | CATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGC > NC_000913/3218101‑3218292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |