| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,168,423 | A→T | 15.8% | intergenic (‑117/‑289) | yegR ← / → yegS | uncharacterized protein/phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,168,423 | 0 | A | T | 15.8% | 335.7 / 49.3 | 137 | intergenic (‑117/‑289) | yegR/yegS | uncharacterized protein/phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/53); new base T (10/12); total (72/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TACCAACGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATG > NC_000913/2168326‑2168522 | tACCAACGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGt > 1:2357715/1‑100 (MQ=255) ccAACGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAg < 1:1198811/100‑1 (MQ=255) ccAACGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAg > 1:2139532/1‑100 (MQ=255) cAACGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAgg > 2:1457984/1‑100 (MQ=255) cAACGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAgg < 2:2027229/100‑1 (MQ=255) aCGACACTCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGaa > 2:898994/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |