| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,493,645 | G→A | 100% | intergenic (‑391/+122) | frc ← / ← yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,493,645 | 0 | G | A | 96.9% | 397.4 / 1.8 | 129 | intergenic (‑391/+122) | frc/yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (64/60); total (66/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTAC > NC_000913/2493548‑2493744 | tATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATATCATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACg < 1:895327/100‑1 (MQ=255)tATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACg < 1:2716287/100‑1 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGa > 2:1806571/1‑99 (MQ=255) atggtACGCTTTAAAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg > 2:1185816/5‑100 (MQ=255) tACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTta < 2:2082364/100‑1 (MQ=255) aCGCTTTTTAAATCGTACCATAAAAAATAATATAATAAATAATTTGTTTTGACTCTGGATTATTGCGGTTTACTTTTACGAATATAAAATACGATTatat > 2:960561/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |