| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 17.6% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 17.6% | 225.4 / 36.4 | 107 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/47); new base A (10/9); total (49/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.98e-02 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGC > NC_000913/317472‑317664 | attattTCGTTTTATTTGGGTTATTTTGGTGAGTCTGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATAtt < 1:583261/100‑1 (MQ=255)aTTAGTTCGCTTGATTTGAGTTATGTTGGGGAGACGGTAAAACATTTTAATCCTGCGTTTGTTCGTGGTTAAATAAAAAAAAAAATACATGATTGATAtt < 2:1483895/100‑1 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAGTTTGTTCGTAGTTGTGTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc > 2:2047193/1‑100 (MQ=255) ttCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTTGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCa < 2:1180914/100‑1 (MQ=255) cGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATg < 1:281536/100‑1 (MQ=255) cGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATg < 1:2853931/100‑1 (MQ=255) 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1:2205657/1‑100 (MQ=255) gggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACaaa > 1:1051223/1‑100 (MQ=255) gggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACaaa > 1:1827465/1‑100 (MQ=255) ggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAAACATGTATTTTACCTAAGACGACaaaa > 1:2383248/1‑100 (MQ=255) gTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTTGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAcc < 1:306463/100‑1 (MQ=255) gTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAcc > 2:7947/1‑100 (MQ=255) gTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAcc < 2:254283/100‑1 (MQ=255) gTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAc > 1:957595/1‑99 (MQ=255) 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gattgatATTAAGCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa > 1:1995572/1‑100 (MQ=255) attgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAg > 2:588161/1‑100 (MQ=255) ttgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTATGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAgg > 1:186087/1‑100 (MQ=255) tgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGc < 2:395288/100‑1 (MQ=255) | ATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGC > NC_000913/317472‑317664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |