| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,358,482 | T→A | 18.5% | I46F (ATC→TTC) | cadA ← | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,358,482 | 0 | T | A | 18.5% | 314.8 / 61.5 | 140 | I46F (ATC→TTC) | cadA | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/62); new base A (15/11); total (67/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
ACGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAA > NC_000913/4358383‑4358579 | aCGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATTCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAt > 2:2651079/1‑100 (MQ=255)aCGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAt > 1:59382/1‑100 (MQ=255) gCAGGTTCTCGTTGATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCTAGTCAAAAATAACGCCGCATAGACGCGCATTGTTTTCGATCAg < 2:1332478/100‑1 (MQ=255) ggTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGttt > 1:2374756/1‑100 (MQ=255) ttCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTta > 2:2753714/1‑100 (MQ=255) tctcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGGCGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTtaa < 1:1847103/100‑1 (MQ=255) 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tttCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTcttctt < 2:1982206/99‑1 (MQ=255) ttCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAGGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTa > 1:217198/1‑100 (MQ=255) tCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTaa < 2:92292/100‑1 (MQ=255) gATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTaaaa > 1:2411775/1‑100 (MQ=255) | ACGGCAGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAAA > NC_000913/4358383‑4358579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |