| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 851,094 | G→A | 100% | P502S (CCG→TCG) | opgE ← | OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 851,094 | 0 | G | A | 96.1% | 218.3 / ‑0.7 | 77 | P502S (CCG→TCG) | opgE | OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (45/28); total (48/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
GGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGG > NC_000913/850997‑851189 | ggggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGAcc < 2:2563577/100‑1 (MQ=255) ggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCg > 1:601142/1‑100 (MQ=255) ggATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCt > 2:78347/1‑100 (MQ=255) aTTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCttt < 1:712321/100‑1 (MQ=255) tttttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATTTCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTttc > 1:610110/1‑100 (MQ=255) tttttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTGCGGGATGGTTGTAATTCACCTTCTTTAACTTGAAGTTGGTTATGTATATCGACCCGGATttc < 2:1217195/100‑1 (MQ=255) tttttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGAAAATTGATGATGTATATCGACACAGCTttc > 1:609951/1‑100 (MQ=255) tttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATTGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGACTttctt > 1:256279/1‑100 (MQ=255) tttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTtctc < 2:2410806/99‑1 (MQ=255) tttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCa < 1:667924/100‑1 (MQ=255) tttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCa > 1:2071300/1‑100 (MQ=255) tttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATAGGTTCCGAGATGGATGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATGGCCCCGGCTTTATTCTCAGa > 2:1864777/1‑100 (MQ=255) ttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTTATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGat < 1:615751/100‑1 (MQ=255) ttAAGGTTTCGGGTAGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTATTATCAGat > 2:1742346/1‑100 (MQ=255) ggTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATaa > 2:304722/1‑100 (MQ=255) ggTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATaa < 2:2201313/100‑1 (MQ=255) gTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAAATGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATaaa < 1:821520/100‑1 (MQ=255) ttCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCTACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACg < 2:1344557/100‑1 (MQ=255) cGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACggg < 2:2715973/100‑1 (MQ=255) cGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACggg < 2:272325/100‑1 (MQ=255) ggTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAATTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTa > 1:1211113/1‑100 (MQ=255) gTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAt > 1:1884286/1‑100 (MQ=255) gTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAt > 1:1267633/1‑100 (MQ=255) cGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAttt > 1:96008/1‑100 (MQ=255) cGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAttt > 1:2534996/1‑100 (MQ=255) cGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAttt < 2:186307/100‑1 (MQ=255) gAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTg > 1:1082390/1‑100 (MQ=255) aaTATCGGTTTCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATg < 1:1488169/100‑1 (MQ=255) ggTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAAtt > 2:197067/1‑100 (MQ=255) gTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAAttt > 1:1558802/1‑100 (MQ=255) gTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGCATTTGATGTTAAttt > 1:2996952/1‑100 (MQ=255) cGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCtt < 2:396825/100‑1 (MQ=255) cGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCtt < 2:1009673/100‑1 (MQ=255) cGAGATGGTTGTAATACACCTTCTATAACTGGAAGTTGGAGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTATCAGATATAATCGGGTATTTGATGTTAATTTcc > 2:494928/1‑98 (MQ=255) gagaTGGTTGTAATCCACCATCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTc > 2:1040787/1‑100 (MQ=255) ggTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCttt < 2:1136222/100‑1 (MQ=255) ggTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCttt < 2:1461787/100‑1 (MQ=255) gTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTa > 2:2980407/1‑100 (MQ=255) tGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAAt < 2:451423/100‑1 (MQ=255) tGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGAGTATATGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAAt > 1:823510/1‑100 (MQ=255) gTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATc > 1:2384018/1‑100 (MQ=255) tAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGATCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATcc < 1:2724312/100‑1 (MQ=255) aTCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGTGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATcccc < 2:1951903/100‑1 (MQ=255) aTCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATcccc > 2:471238/1‑100 (MQ=255) tCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTTCTTCGCTTTAATc > 2:2668763/1‑96 (MQ=255) tCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGAATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCg > 1:144963/1‑100 (MQ=255) ccTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCa > 2:75744/1‑100 (MQ=255) tCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTg < 2:2071277/100‑1 (MQ=255) cTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTgg > 2:2207453/1‑100 (MQ=255) cTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTgg > 1:1027758/1‑100 (MQ=255) tGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTggg < 1:484673/100‑1 (MQ=255) tGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTggg < 1:1213569/100‑1 (MQ=255) gTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGga > 1:1831891/1‑100 (MQ=255) aaCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGgaga > 1:1303203/1‑100 (MQ=255) aaCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGgaga > 1:2173070/1‑100 (MQ=255) aCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaa > 2:2909301/1‑100 (MQ=255) aCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaa > 1:1153672/1‑100 (MQ=255) tGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaaaa > 1:2844225/1‑100 (MQ=255) tGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaaaa < 1:657544/100‑1 (MQ=255) gAAGTTTGGCATGTATATCGACCCGTCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTATTCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAg < 2:347458/100‑1 (MQ=255) aGTTGGTGATGTATATCGACTCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGcc < 1:538098/100‑1 (MQ=255) aGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGcc > 2:1943122/1‑100 (MQ=255) gTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCt < 2:2124182/100‑1 (MQ=255) tGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATTTTAATTTTCTTAGCTTTACTCACCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTaa > 2:1679/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTaa < 1:110823/100‑1 (MQ=255) gTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTaaga > 2:2467859/1‑100 (MQ=255) gTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTCGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTaaga > 2:2949083/1‑100 (MQ=255) aTGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGt > 2:2789135/1‑100 (MQ=255) tGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTc > 1:2776706/1‑100 (MQ=255) tGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATACCCGTCCACTGGGAGAAAAACCCTAAGAAGTc > 2:2918565/1‑100 (MQ=255) gTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCa > 2:1538587/1‑100 (MQ=255) gTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCa > 1:1852978/1‑100 (MQ=255) gTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCa > 1:2029866/1‑100 (MQ=255) atatCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCAtt > 1:578829/1‑100 (MQ=255) atatCCACCCGGCTTTCAACTCAAATATAAACAGGTATTTGAGGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCAtt > 2:604315/1‑100 (MQ=255) atCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTgg > 1:184589/1‑100 (MQ=255) atCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTgg < 1:465301/100‑1 (MQ=255) | GGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGG > NC_000913/850997‑851189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |