Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,100,233 | G→A | 100% | intergenic (+39/‑63) | ycdY → / → ycdZ | redox enzyme maturation protein (REMP) chaperone for YcdX/DUF1097 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,100,233 | 0 | G | A | 99.1% | 356.2 / ‑4.5 | 106 | intergenic (+39/‑63) | ycdY/ycdZ | redox enzyme maturation protein (REMP) chaperone for YcdX/DUF1097 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (50/55); total (51/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTAACCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTGTTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTTCTCTCTATTGCAATCACAACA > NC_000913/1100135‑1100328 | cTAACCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATttgt < 2:2594667/100‑1 (MQ=255) tAACCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGATGAGCTGTAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATttatt < 1:2413667/100‑1 (MQ=255) tAACCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATttatt < 1:2441144/100‑1 (MQ=255) aaCCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATttattg < 2:527068/100‑1 (MQ=255) aaCCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATttattg < 1:978845/100‑1 (MQ=255) aCCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATttattgt < 2:1599492/100‑1 (MQ=255) 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1:2432764/1‑100 (MQ=255) ggACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCtcat > 2:508666/1‑100 (MQ=255) gACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCtcatt > 1:359795/1‑100 (MQ=255) gACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCtcatt > 1:2459825/1‑100 (MQ=255) cGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCtcattca < 1:2001735/100‑1 (MQ=255) aGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATg < 2:2278901/100‑1 (MQ=255) gCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATgg < 1:508669/100‑1 (MQ=255) cTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGc > 2:332010/1‑100 (MQ=255) 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aCTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATAACCACGATTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtc > 1:1355139/1‑100 (MQ=255) cTCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtct > 2:2074092/1‑100 (MQ=255) tCATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtctc > 2:498505/1‑100 (MQ=255) cATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtctct > 1:1263958/1‑100 (MQ=255) cATAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATAGCCGCGTATTCTGCTATAATGCGCGGCATGAACATACTtctct > 1:1468005/1‑100 (MQ=255) aTAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtctctc < 1:932148/100‑1 (MQ=255) aTAACTGCAACGGATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtctctc < 1:1927732/100‑1 (MQ=255) aTAACTGCAACAGATAATTTGCCGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGACGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTtctctc > 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gATAATTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTTCTCTCTAttagatcgga > 2:2745005/1‑92 (MQ=255) aTTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTTCTCTCTATTGCAATCacaaca > 1:2592981/1‑100 (MQ=255) aTTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTTCTCTCTATTGCAATCacaaca < 2:1711019/100‑1 (MQ=255) aTTTATTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTTCTCTCTATTGCAATCacaaca > 2:2772335/1‑100 (MQ=255) | CTAACCCGCGATGCCATTAGTGCAATGTGGGACGAGCTGGAAGAAGATTCTGAAGAATAAGTGTGATCTACGTCACTCATAACTGCAACGGATAATTTGTTGTTGCATAAAATGTGTGCTCGATCTCATTCATGGCCGCGTTTTCTGCTATCATGCGCGGCATGAACATACTTCTCTCTATTGCAATCACAACA > NC_000913/1100135‑1100328 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |